2012年，上海市编制完成《上海市海洋功能区划（2011—2020年）》，并经国务院批复同意。该区划统筹考虑了海洋环境资源保护、长江口河势控制、航道治理、淡水资源开发和生态环境保护，强化饮用水源和自然保护区以及领海基点等重点目标的保护，提出进一步规范海洋开发利用秩序，加强海洋生态环境保护，逐步修复近岸受损海洋生态环境的区划目标，并从完善法规和规划体系、全面提高海洋综合管理水平、加强海洋环境保护和生态建设、强化管控支撑体系建设四个方面提出海洋功能区划的具体实施措施。
2018年，上海市印发《上海市海洋“十三五”规划》，提出积极探索建设“全球海洋中心城市”目标，从加强陆源入海污染控制、推进海洋自然保护区建设、推进海洋生态修复工程、划定海洋生态红线区、加强海洋环境监测能力建设、建立海洋环境通报制度等方面进一步系统推进海洋环境保护工作。同时，根据《中华人民共和国海洋环境保护法》规定，上海市积极落实生态保护红线、重点海域排污总量控制、排污许可、生态补偿等制度；积极开展海洋生态保护补偿研究；按照“陆海统筹”原则，已完成生态保护红线的划定、报批和发布，启动红线勘界、发布及管控措施制定工作，推进海洋资源的科学合理开发和利用。
2.依法加强陆源和海上污染治理与控制，严控入海污染物排放
2000年以来，上海市围绕节能减排，以滚动实施环保三年行动计划为抓手，以陆域截污治污为重点，累计投入数百亿元资金，持续加大陆源和海上污染综合整治力度，实现陆源入海污染量逐年减少。
（1）上海市大力实施陆域点源污染治理工程。按照国家计划安排，对火电、化工等15个行业核发排污许可证，实施污染物排放总量控制；推进中心城区污水治理1～3期工程、污水处理厂新改扩建以及郊区污水收集管网、重点水污染企业在线监测系统建设等，全面加强截污治污工作。截至2017年，全市污水处理率超过94.5%，居国内领先水平。
（2）实施苏州河、黄浦江等骨干河道和城乡中小河道综合整治工程。2016年底以来，上海市共摸排出1 864条段共计1 756千米黑臭河道，按照“一河一策”编制整治方案，全力推进综合治理。到2017年底，全市河道基本消除黑臭，城乡水环境面貌和水环境质量得到有效改善。2017年，上海大力推进黄浦江上游的浮吊船综合整治，全面清退165个离岸浮吊、31个靠岸浮吊，发布通告禁止在黄浦江及其支流设置浮吊设施，加强对黄浦江上游水源地和黄浦江入海水质的保护。
（3）严控新增入海排污口。2007年以后，上海市不再批准新设入海排污口，同时要求直排入海的相关企业实施截污纳管。2017年，按照《近岸海域污染防治方案》的要求，上海市环保、海洋、水务等部门联合开展了长江河口水域和杭州湾海域入河、入海排污口以及陆源入海污染物的排查工作。截至2018年初，已全面完成综合排查，为有针对性地控制陆源污染提供了第一手信息。
（4）加强海上污染源治理。加大海洋工程的污染监管力度，并开展“防船舶碰撞防泄漏专项整治”“限制船舶污染物排放专项行动”“渔港渔船污染防护专项行动”，加强海上污染控制。(www.daowen.com)
（5）加强海洋倾倒废弃物管理。根据《委托签发废弃物海洋倾倒许可证管理办法》的规定，上海市海洋局负责签发废弃物海洋倾倒普通许可证。为规范许可行为，2010年，上海市制定了《上海市海洋局行政许可办事指南和法律文书样式》，对审批流程进行了细化和规范。2018年1月，按《国务院关于第三批取消中央指定地方实施行政许可事项的决定》的要求，上海市海洋局向国家海洋局东海局移交倾废许可证签发工作的职权。
（6）依法开展海洋生态环境监测。上海市海洋局制定了上海市海洋生态环境监测工作方案，合理布设了水质站位354个，沉积物、生物站位各206个。每年开展近岸海洋生态环境监测、海洋环境监管监测、公益服务监测、海洋生态环境风险监测、海洋资源环境承载力试点监测等工作，对上海市及邻近逾1.72万平方千米海域的水文气象、海水、沉积物、海洋生物等百余项要素进行监测，并定期对监测数据进行分析评价。每季度发布海洋环境质量通报，每年发布上海市海洋环境质量公报。
3.严格落实海洋生态治理示范，强化监管与信息化建设
近年来，上海市通过加快建立海洋生态文明制度体系，落实海洋保护法律制度，加强海洋执法监管，规范海洋开发利用行为，推进治理示范、依法保护，改善海洋生态环境。
（1）积极推进海洋生态环境修复。加强海洋和海岸带生态环境保护，持续开展滨海湿地生态环境修复，专项实施了洋山港海域海洋生态环境保护与修复，临港生态协调区海岸带生态廊道、金山鹦鹉洲湿地、大金山岛保护等海洋生态修复工程。
（2）加强海洋工程建设监管。持续加强河口海洋自然保护区的日常管理，建立巡视、检查、维护等一整套工作制度，落实相关管理要求。按照《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》的要求，对新建、改建、扩建海洋工程项目依法核准环境影响报告书。此外，根据上海市实际，制定了《上海市海洋工程建设项目专家评审管理办法》《上海市海洋工程建设项目环境保护设施验收管理办法》等文件，进一步严把审批关，并加强批后监管。
（3）对涉海工程和海洋倾倒区域加强监管执法。每年开展海洋环保“碧海行动”专项执法，严格落实对海洋工程的日常监管制度，完善在建海洋工程的执法档案材料。同时，出台海洋工程环境影响评价报告，核准在建和已建成项目环境保护情况的执法检查力度。对黄浦江、长江沿岸码头开展全覆盖陆上排查，掌握码头疏浚作业情况，调查疏浚物倾倒许可办理及实际处置作业情况，从源头上查禁违法倾废行为。同时，重点加强对倾废敏感区域的执法监督检查，加大夜间巡航和航迹监视的工作频次与力度，严厉打击未经批准向海洋倾倒废弃物、不按照批准的条件或区域向海洋倾倒废弃物等危害海洋生态环境的违法行为。
（4）推进海洋环保信息化建设。整合水务、气象、海事、环保等部门的信息资源，加大海洋生态环境监督管理系统的开发和应用，提升海洋生态保护与监管的信息化管理水平，用现代科技手段强化海洋环境的保护和执法监管。
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