中亚五国民族成分众多、历史遗留问题较多、民族关系非常复杂。经过历史发展和演变，中亚地区具备了特殊的宗教和民族现状。伴随着中亚建立起五个拥有独立主权的民族国家，民族分裂思想在中亚五国迅速蔓延渗透。民族分离主义在独立之初也是严重困扰中亚各国政治生活的一种现象。苏联解体前民族分离主义在中亚就长期存在过，可以说中亚各国的独立在很大程度上就包含了所在地区民族分离主义运动的成果，这种趋势即使在独立后也从未停止过。从根源上看，民族主义情绪的主要来源是大民族主义导致的民族间的不平等感，既包括政治权利上的不平等感，又包括经济地位上的不平等感。那些处于非主体地位的民族如果经济上落后于其他民族尤其是主体民族时往往容易萌生出民族分离主义情绪。民族分离主义情绪的增长就不可避免地引起主体民族与其他民族之间的对立和矛盾。虽然中亚各国对民族平等十分关注，各民族之间要和睦相处，但是事实上不平等已经造成民族间的对立情绪，尤其是引起了一些较大民族的强烈不满情绪。如在哈萨克斯坦，哈萨克族与俄罗斯族的对立情绪长期存在，矛盾一度激化甚至出现过流血事件。哈萨克斯坦的俄罗斯人于1992年就成立过自己的村社，要求俄罗斯人享有平等的权利，甚至有人提出哈萨克斯坦北部主权应该回归俄罗斯。到1999年时仍然有东哈萨克斯坦州的俄罗斯族提出成立“俄罗斯家园”自治共和国，其目标是将来并入俄罗斯版图。类似于这种情形在中亚的其他国家也或多或少地存在。这对于国家的领土主权及社会稳定是极为不利的。

从地缘方面来看，中亚位于较多文明的交汇之处，自苏联解体之后，中亚地区在意识形态方面开始出现真空状态，因此很容易被外来意识与文化所侵入，甚至是取代。民众普遍对政治产生失望、经济产生绝望的情绪下，宗教情感极易完全释放出来。受到国家经济贫困且政治无序等因素影响，不管是个体还是集体，只要是贫困的，就势必会出现对于社会的愤懑之情，若是无法通过合理渠道对自身意愿进行表达的话，宗教情感极易升温发酵。中亚各国的伊斯兰复兴运动即存在于此环境之中。其最终造成了中亚国家中宗教极端主义的盛行。举例来说，“乌伊运”“伊斯兰解放党”既是恐怖组织也是宗教极端组织。无论是恐怖主义、宗教极端主义还是民族分离主义，它们在中亚各国都有肥沃的生存土壤，它们往往相互交织、难分界线，这些因素互相纠葛形成了严重威胁中亚各国的民族团结和国家统一的合力。无疑对国家政治经济的发展设置了重重障碍。(www.daowen.com)