如前所述，日本农业的发展既离不开日本农业政策的支持，也离不开以日本农协为代表的社会化组织的工作。日本政府与日本农协既有监管与被监管的关系，也有彼此的合作关系。例如，日本政府主要通过金融监管部门和农业部门对日本农协的经营业务进行监管。同时，日本的政策性农业金融机构，即农林渔业公库，可以交由农协代管，并支付一定的委托费。在这样的关系下，日本农协有动力为日本农户提供农业生产中的信贷等服务，日本政府也能通过壮大日本农协进一步提升本国农业的竞争力。

总之，“维护本国粮食安全”在日本政府的“目标函数”中占有非常大的权重，使得日本政府面对经济全球化浪潮时始终坚持谨慎的态度。事实上，鉴于粮食安全的重大意义，世界上很多国家特别是发达国家都对农业采取了或多或少的保护手段。即便是重要的农产品出口国美国，也会通过营销援助贷款（MAL）、贷款差额补贴（DLP）、反周期补贴（CCP）、平均作物收入补贴（ACRE）、价格损失保障补贴（PLC）等名目繁多的农产品支持政策，从价格、产量、收入等各个方面保障本国农产品生产者的利益。(www.daowen.com)

发达国家对本国农产品生产的大量补贴，无疑使得这些国家在农业生产方面的“比较优势”更加凸显，也无形中加剧了这些国家与日本等在国际粮食贸易中具有“比较劣势”的国家之间的矛盾，这也成为推动农产品国际贸易谈判的重要因素。在世界贸易组织（WTO）框架下，对贸易的保护政策主要分为“绿箱政策”“黄箱政策”和“蓝箱政策”。其中“绿箱政策”是指“由政府提供的、其费用不转嫁给消费者，且对生产者不具有价格支持作用的政府服务计划”，成员方不具有约束和削减的义务；而对于具有价格干预和补贴性质的“黄箱政策”，成员方须承担约束和削减义务；“蓝箱政策”是指“与生产限制计划相联系的直接支付的‘黄箱措施’支持，在满足一定条件的前提下可以得到免除减让”。[51]日本作为世界第三大经济体，在多年融入国际贸易框架的过程中已积累了大量经验。日本农业政策如何在经济利益和国家安全之间找到平衡，至今仍在社会各界引起广泛关注。