特色农业的形成是建立在区际差异基础上的，而区际差异即经济区域之间的经济差异，这些差异包括资源赋存差异、历史基础差异、产业结构差异等内容。云南省在诸如种植面积、产品产量、品质等方面取得了明显的成就，但由于区域内自然资源差异、人文资源差异、历史基础差异、生产要素差异、产业结构差异等原因，云南高原特色农业发展也存在着一系列问题。

3.1　分散经营

农村家庭联产承包责任制曾经在解放我国农村生产力方面发挥着巨大的作用，对农业、农村经济的发展起到了很大的作用，对农民解决温饱问题带来了帮助。但随着农业市场化程度的提高，农产品商品化水平的提高，分散经营这种组织形式却成为阻碍农业、农村经济发展及农民增收的障碍。农业的细碎化分散经营使得原本就在第一、二、三产业间处于弱势产业的农业在劳动生产率的提高方面、实现扩大再生产和产业结构调整方面及农民增收方面成为主要的制约因素。分散经营条件下，一般以家庭为单位、土地规模较小，农业机械化程度低，现代农业发展缓慢，约集化水平低，农业的劳动生产率低下，农产品产量有限，市场信息不对称，生产经营较为被动，这样，仅就从农业上获得的收益上来看，农民收入增长缓慢，加之由于分散经营所限，对于生产者而言，以所拥有的生产资料获得金融机构支持的可能性小，难以根据市场需求情况做出结构调整和扩大生产规模。

由于云南多山少平地的地理特点，分散经营在全省129个县（市、区）中还比较普遍，广种薄收，靠天吃饭还是一些边远山区、生态环境脆弱区农业的现实，特别是四个集中连片的特困扶贫地区更为突出，农业连基本的解决温饱都成问题，何谈高起点发展高原特色农业。因此，将农业的生产要素——土地向农业企业、种养殖能手集聚，消除农业用地的条块化，铲除田埂，还原土地的无边际。让这些在农业生产方面有着比较优势的农业大户有规模经营的土地资本，为加快现代农业的发展步伐，提供要素保障。

3.2　产业结构调整力度不够(www.daowen.com)

云南农业伴随着国家改革开放走过了三十多年，取得了显著的发展，总体上农产品供求基本平衡，进入到了以提高品质、优化结构和增加农民收入为主，注重传统投入与资本集约和技术集约相结合的优化发展阶段。这一阶段，许多农产品出现了结构性、地域性和阶段性过剩，在一些农村地区出现了“卖菜难”，而城镇地区却是“买菜难”的问题，而一些农产品则由于供过于求，导致了农产品价格大幅下跌，种植业实现增收的难度加大，农民增收步伐缓慢。这说明单靠增产和提价来增加农民收入的空间越来越小，必须寻找新的增长方式，从根本上解决农民增收难的问题，农业产业结构调整是发展云南高原特色农业产业的客观要求和必然选择。多年来，在云南农业的种植业中，粮食作物所占比例过大，经济作物比例过小，严重制约了云南农业和农村经济的发展。目前，虽经调整，但主要集中在烟、糖、茶等少数几种种植业上下功夫，而其他特色农产品却没有形成相应规模，云南的作物种植品种和产品结构在一定程度上还存在单一性，云南农业结构调整力度还不够。究其原因，主要是农业投入不足，农村市场体系和服务体系发展滞后，不能有效地促进农民增收。而作为分散的、规模小的农业生产者不可能在农业生产上有大的投入，农业科技开发推广跟不上，农业基础设施落后，抵御自然灾害及市场风险的能力不够强。加之地方政府在农业产业结构调整方面顾虑重重，因为种植业中粮食产品的需求弹性小，而经济作物的需求弹性相对较大，若减小种植业中的粮食作物而发展经济作物，市场风险更大，而粮食却无法保证，对不少“吃饭财政”县来说又该如何？这意味着区域性农民生产的农产品更趋单一化，农民的风险也更大。

3.3　农业管理体制上的弊端

目前，云南的农业管理体制基本上属于职能型管理模式，涉农部门内部上下层级之间能做到命令、信息流动，但不同涉农职能部门之间，却是割裂的，农业主管部门与其他部门职能重复交替，容易出现政出多门，权责不清，推诿扯皮的现象。同时，农业部门主管的事很多，有责任，却没有手段，与农业和农村发展的很多事项均采取与其他部门齐抓共管模式，才能有效实行，严重影响了行政效率，缺乏农业和农村经济体制改革和政策拟定的总体协调机构。在市场经济条件下，政府对经济结构进行调整干预只能通过经济、法律和政策手段，而不能用行政计划手段，但投资、税收、价格政策、信贷等手段均不在农业主管部门掌控，而是由其他部门负责，并且涉农项目资金因监管不力，在基层容易被挪用或截留，甚至出现寻租现象，这样，国家预算中支持农业和农民的资金没有以最佳的方式发放使用，影响了支农资金的效率。同时，云南的农业保险体系不完善，加之政府的扶持力度不够，对农业生产者从事种植业和养殖业生产过程中遭受自然灾害和意外事故所造成的经济损失提供保障的能力较弱。农业科技体制创新不足，产学研存在脱节现象，整体协调性差，现有农业科技机构由政府和行政单位规划和兴建，地区分割、学科分割，系统运行效率低下，农业科研单位提供的有市场生命力、成熟的配套研究成果有限，农业科技成果的转化率和普及率不高。