任何单位要实施内部控制，不仅要有控制目标，而且要有实施控制的机构，有些目标还要按照机构设置状况进行分类或分解，以利于贯彻和执行。机构设置以后，必须要进行职责的划分，并明确规定每一层次和每一机构的任务和应负的职责，还要规定相互配合与制约的方法，这就是所谓的组织控制方法。组织控制法也是一种事前控制方法，是建立授权控制、实施程序与牵制控制的基础，也是决定内部控制是否有效的关键。

实行职能分离，可以确保专业、职业和技术的专门化。实现内部管理控制要求职能独立，以有利于工作效率的提高。单位的业务（包括交易的发生在内）、工作人员的经营、特别是资财保管与控制以及会计分管等职责均应尽可能分离。职责和范围应有明确规定，并为每个职工所知晓，保证一个人不能包揽一项交易的始终或所有重要环节，以降低差错、浪费或未察觉的不法行为的危险性。例如，授权、批准和记录交易、资财的签发和接受、款项支付、检查或审计经营业务等重要责任，应有计划地授予若干部门或个人，以保证检查和结算的有效进行。内部控制措施应与业务流程融为一体，以保证在不增加费用或设立新的职位或新的经营机构的情况下，对现有的职工中进行职责分配和分离，以提高可靠性并避免滋长官僚主义。在小单位中，如果无法用划分责任来实现完全地控制，则可采取经常进行内部审计等其他措施来加以控制。在实施组织控制时，应遵循以下原则：

（1）分清职责，杜绝一个部门或者个人控制交易的全过程；

（2）每个执行部门都有权采取果断的决策行动来切实履行职责；

（3）明确规定个人职责，防止逃避责任、超越职权、文过饰非和推卸责任的事情发生；

（4）负责分配职责和权力的主管人员要进行追踪检查，考核下级是否切实执行命令；

（5）被授权者应按规定的期限经营业务，如无特殊情况，上级一般不予检查，因此，要求职工具有识别异常现象的能力；(www.daowen.com)

（6）每个工作人员应向上级汇报其履行职责和所取得成果的情况；

（7）应该确认单位有关授权法规的要求；

（8）机构应具有弹性及可塑性，以便适应经营计划、方针和目标的变化；

（9）职能、责任和职权的分配应避免重叠、重复和冲突；

（10）应避免职权分工过细而导致行动迟缓、职务虚设和效率低下，力求精简机构。