（一）成本限制

一个内部控制系统所寻求的保证水平有必要根据其成本而定。一般来说，控制程序的成本不能超过风险或错误可能造成的损失和浪费，否则，再好的控制措施和方法也将失去其降低成本的意义。

任何单位的资源总是受到限制的，单位在设计内部控制时，必须比较控制的相关成本和效益。在决定是否采用某一特定的控制时，应将若无该项控制而遭失败的风险及其对单位的潜在影响与采取该项控制须耗的相关成本放在一起比较。衡量控制成本的精确程度，与衡量控制效益的精确程度并不相同。控制成本量化较为容易，而控制效益量化则相当复杂。当控制与管理或与营运过程相结合，或“纳入”管理或营运的过程时，很难区分哪些是控制的成本与效益，哪些是管理或营运的成本与效益。在许多时候，单独的一项控制或若干项控制合在一起，可减轻某一项特定的风险，但对个项控制成本与效益很难估计。同时，控制成本与效益的估计也会因单位的性质不同而有所侧重。在考虑成本限制时，最难的是找出进行控制与不控制之间的一个适当平衡点。若控制过度，且成本昂贵，则得不偿失；若控制太少，则风险太高，容易导致控制失败。在高度竞争的环境下，即便控制成本效益分析非常困难，也必须去做，以取得适当的平衡。

（二）串通舞弊

不相容职责的恰当分离可以为避免单独一人从事和隐瞒不合规行为提供合理的保证。但是，两个或更多的人合伙就可避开这类控制。例如，出纳和会计合伙舞弊，财产保管和财产核对的人合伙造假，一位执行重要控制职能的员工可能与顾客、供应商或其他员工串谋，不同层级的若干位部门经理可能共同串谋。在诸如此类的情形下，再好的控制措施也无能为力。

（三）人为错误

内部控制系统发挥作用的有效程度关键取决于执行人员的实际运作，不能期望人们在执行控制职责时始终正确无误。工作人员的粗心大意、精力分散、身体不适、理解错误、判断失误、曲解指令等都会造成控制失效。例如，对方发票总金额计算错误未被发现，发货时未索要提货单，签发支票时未审查支付用途等。(www.daowen.com)

（四）管理越权

各种控制程序是管理工具，但任何控制程序也不能发现和防止那些负责监督控制的管理人员滥用职权或不正当使用权力。或者是出于欺诈的目的，或者是由于时间或成本不利因素的压力，存在着管理人员避开或指示其下属避开某些预定程度的可能性。在某些情况下，企业管理当局对于担任控制职能的人员可能权力过大，以至可以凌越控制。管理当局的干预一直是导致许多重大舞弊发生和财务报表失真的一个重要因素。管理越权一般表现为错误陈述或者是挪用。挪用主要是指对资产的错误转移和隐瞒。虽然低层次的职员对资产的挪用可以通过文件凭证、限制接近或职责分离等措施来防止，但是，高层管理人员一旦越权挪用，任何程序都不能防止。当管理部门或主要管理者极力弄虚作假、故意错报财务状况和经营成果时，这类错误程序也无法防止。

（五）修订滞后

单位已有的内部控制一般都是为了那些重复发生的业务类型而设计，因此，可能会对不正常的或未能预料到的业务类型失去控制的能力。企业处在经常变化的环境之中，为便于生存和保持竞争能力，势必要经常调整经营策略，或收购其他单位，或在异地开办分支机构，或增设分部、部门、生产线等，这就会导致原有的控制程序对新增的业务内容失去了控制作用，在变化过程中可能会发生差错或不合规行为。即便环境不变，而内部控制系统发生变化时，同样也会发生类似问题。例如，会计系统某一部分作业实现了电算化，可能会导致原有控制暂时失效或暂时的控制过多。假设在电算化系统中包括了双重核对的程序，原有的手工操作复核程序就变得多余了，如果继续保留它，就会导致控制过多；如果电算化系统没有设计核对程序，而又取消了手工复核程序，这就会导致控制不足。综上所述，内部控制今天也许能有效发挥作用，但不能保证该控制明天或明年仍然有效。

内部控制只能为管理人员达到其目的提供合理的确信，在预防和查明错误及舞弊现象方面不可能提供绝对保证。事实上，内部控制的实质不在于消除一切风险，而在于限制管理上已经意识到的风险的发生。

在了解内部控制的局限性时，应充分考虑到会计控制系统的一些重要概念和重要的特征。如人员素质、职能分离、经济业务的执行、经济业务的记录、接触资产、会计记录和资产的核对等。