日本的银行间支付结算体系主要包括四个系统，其中三个由私人部门运营，分别是汇票和支票清算系统（Bill and Cheque Clearing System，缩写为BCCS），用于对提交到同城清算所的汇票和支票进行清算；全银数据通信系统（Zengin Data Telecommunication System，简称为Zengin System），用于零售贷记转账交易的清算；以及外汇日元清算系统（Foreign Exchange Yen Clearing System，缩写为FXYCS），用于外汇交易中日元部分的清算。另一个是由日本银行负责运营的日本银行金融网络系统（Bank of Japan Net Funds Transfer System，缩写为BOJ-NET），主要用于结算银行债务，包括私营清算系统清算后产生的净债务。2001年该系统由传统的定时清算系统（Designated-time Net Settlement，缩写为DNS）升级为实时全额结算（Real Time Gross Settlement，缩写为RTGS）系统，不同类型的证券在不同的机构存管。日本银行作为日本政府债券（Japan Government Bond，缩写为GJB）的中央证券存管机构（Central Securities Depository，缩写为CDS）参与证券结算系统的运行；日本证券存管中心（Japan Securities Depository Center，缩写为JASDEC）是股票的中央证券存管机构。其他类型的债券没有CDS，它们与为数众多的证券登记机构和日本债券结算网络（Japan Bond Settlement Network，缩写为JB Net）一起组成了公司债券和其他证券的结算系统。各种债券以及交易所股票交易的结算均采用券款对付（Delivery Versus Payment，缩写为DVP）的结算方式。

1．汇票和支票清算系统（BCCS）

汇票和支票清算系统（BCCS）主要为同一地区的金融机构提供汇票和支票的交换清算服务。截至2001年，日本共有540 家汇票支票清算所。其中，东京清算所的票据交换清算金额占日本全国清算所的70%以上。

大中型金融机构，包括银行和外国银行在日本的分支机构，都是BCCS 系统的直接参与机构。小型金融机构通过直接参与机构间接地加入系统进行清算。到2001年12月，加入东京清算所进行清算的金融机构为421 家，其中121 家为直接参与机构。日本主要的清算所由各地银行家协会负责管理（例如，东京清算所由东京银行家协会（Tokyo Bankers Association，缩写为TBA）负责运营）。BCCS 系统的结算量从2001年到2006年有明显的下降，原因是近年来传统的汇票和支票融资正被银行信贷所取代，这类资金的支付结算因而也转向Zengin System。

2．全银数据通信系统（Zengin System）

全银数据通信系统（Zengin System）是一个日本国内银行间资金转账的小额清算系统，于1973年开始运行。另外，很多小型金融机构，如信用金库、信用合作社、劳工信用协会、农业使用合作社以及区域性银行团体都有它们自己的银行间清算系统。这些清算系统的结构都与Zengin System 相似。

银行以及外国银行在日本的分支机构等金融机构直接参与Zengin System 的清算。小型金融机构参加Zengin System 则是分别通过它们各自与Zengin System 连接的清算系统来实现。到2001年12月，加入Zengin System 的金融机构共有2021 家，其中154 家是直接参与机构。最终用户还包括企业和个人。

Zengin System 同BCCS 系统一样，由东京银行家协会（TBA）负责运营。2006年Zengin System 的日均清算量超过了10 万亿日元。

3．外汇日元清算系统（FXYCS）(www.daowen.com)

外汇日元清算系统（FXYCS）是于1980年建成的大额支付系统，以简化跨境金融交易日元支付的清算过程。最初，系统的运转建立在处理纸质单据的基础上。为了适应外汇交易量的快速增长，1989年东京银行家协会（TBA）对该系统进行了改造，实现了系统的自动化，并把经营权委托给日本银行。从此，外汇交易的日元清算就通过日本银行BOJ-NET 系统进行。

FXYCS 系统处理跨境金融交易所产生的日元支付，这些跨境金融交易包括外汇交易、日元证券交易和进出口贸易的支付。

FXYCS 由东京银行家协会（TBA）拥有。它的自动化系统是BOJ-NET 的一部分。到2001年年底，参加FXYCS 系统的金融机构共有244 家，包括73 家外国银行在日本的分支机构。其中有40 家是BOJ-NET 系统的直接参与者，其余的204 家是间接参与者，他们要通过直接参与者加入FXYCS 系统。

另外，持续联结清算（Continuous Link Settlement，缩写为CLS）银行于2002年进入日本，在日元外汇结算中也起到重要作用。目前FXYCS 主要承担外汇交易中日元的结算功能，而CLS 负责多边货币的支付清算功能。2006年FXYCS日均交易额达到18 万亿日元，CLS日均交易额达到30 万亿日元。

4．日本银行金融网络系统（BOJ-NET）

BOJ-NET 资金转账系统于1988年建成，它是一个联机的电子大额资金转账系统，也是日本支付结算系统的核心。BOJ-NET 由两个子系统组成：一个是用于资金转账的BOJ-NET资金转账系统；一个是用于JGB 结算的BOJ-NET JGB 服务系统。虽然BOJ-NET 资金转账系统从建成起就为资金的结算提供了两种结算方式，即定时净额结算和实时全额结算（RTGS），但在2001年初日本银行废除了定时净额结算这种结算方式，使得RTGS 成为BOJ-NET 系统唯一可用的结算模式。日本银行提供的大多数支付服务都可以通过BOJ-NET 资金转账系统处理，它们包括：

①同业拆借市场和证券交易所引起的金融机构之间的资金转账；②在同一金融机构的不同账户之间的资金转账；③私营清算系统产生净头寸的结算；④金融机构和日本银行之间的资金转账，包括在公开市场操作的交易。通过BOJ-NET 资金转账系统进行的大多数资金转账都是贷记转账，但机构内的资金划拨，也可以通过借记转账来进行。

BOJ-NET 资金转账系统为日本银行所有，并由日本银行负责运营。到2001年年底加入BOJ-NET 资金转账系统的金融机构共有383 家，其中包括162 家银行，72 家外国银行在日本的分支机构、83 家信用金库、5 家合作社的中央机构、46 家证券公司、3 家货币市场经纪商和其他一些金融机构，如证券交易所。