第三方支付通过与银行的商业合作以银行的支付结算功能为基础向政府、企业、个人提供中立的个性化支付结算与增值服务的同时，该价值链也面临着许多问题。主要表现在：

（1）第三方支付同业低水平无序竞争激烈。第三方支付企业产品的同质化导致价格成为唯一的竞争筹码，不少支付厂商以不正常的低价来抢占市场份额，于是出现了“跑马圈地”的短期行为。此举不仅进一步挤压了支付市场有限的盈利空间，更带来了许多资金风险。随着产业价值链的初步形成，许多实力强大的公司相继采用收购或合并的方式强势进入，我国网络支付市场未来竞争势必更加激烈。

（2）银行等金融机构与第三方支付企业存在竞合关系。由于第三方支付给银行带来了结算的便利，在发展初期得到了银行的支持，但从长远来看，银行和第三方支付企业存在竞争关系。在未来，我国银行业整合基本完毕之后，银行或银联组织完全可能抛弃第三方支付网关企业，独立发展。第三方支付平台模式也面临来自银行的压力。(www.daowen.com)

（3）安全问题仍将在一定时间内限制第三方支付业务的发展。第三方支付平台只能从技术上保证交易的安全，而无法保证交易本身的真实，所以技术的完善并不能完全克服整个社会诚信发展水平相对落后所带来的不利影响。在短时间内，对安全问题的担忧依然是制约第三方支付产业价值链完善的重要因素。

（4）第三方支付企业面临重新组革。网上支付是当前银行、网络商务和投资界普遍认为市场前景好、发展快，但又面临多重挑战的新兴产业。网络支付发展到今天，第三方公司和银行事实上主要做了两件事情，第一个是带来了签约的商家，第二个是通过创新进行服务，银行的用户能够得到更好的业务体验。以第三方支付为核心的网络支付产业价值链现在还处于起步阶段，网络支付领域的无序竞争最大的原因还是缺少差异性，缺少创新造成的。因此，第三方支付公司、银行、信用卡组织及有影响力的贸易商只有携起手来加强合作，才能推动网络支付产业的快速发展。