海关作为自由贸易试验区重要的制度创新高地，按照国家对自由贸易试验区提出的建设高质量、高水平、高层次的对外开放试验田的要求，海关作为对外开放的一线要不断在监管制度上探索经验，创新优化监管模式，不断提供共性与差异，复制与创新的突破加快开展海关监管制度创新。目前，海关在自由贸易试验区的平台上按照总体设计、分步实施的步骤开展了诸如期货保税交割、融资租赁、信息化监管、电子围网、国际贸易单一窗口等多方面创新，并通过自由贸易试验区平台对已经取得的创新案例进行全国海关的复制推广，对推动海关进一步扩大开放和释放改革开放活力产生了积极的作用和影响。但是，现阶段海关在创新监管制度上还存在以下几方面问题需要重视和解决：

一是要加强现阶段海关与涉及业务的各机构和部门间的协同配合。海关作为对外开放的一线，在监管制度上要坚持按照开放合作的原则加强处理好对内与对外开放的协同合作关系，实现互联共享的创新机制。因此，制度创新并不是从海关现有的各业务条线分别推进，而是要从海关监管制度的整体大局出发，打破条块分割的局面，系统地对现有的海关监管问题进行梳理、规划、改革和创新。例如在具体处理对内对外协同合作的关系上，海关作为国家口岸办的主管部门既要协同管理口岸边境的各项事务，又要指导和协调地方政府的口岸工作，在业务对接上又要处理涉及诸多领域的物品和货物的进出境。这就要求海关必须要与涉及口岸边境事务的相关政府部门加强协同配合与管理，对涉及安全、健康、文物等多个领域的监管还需要委托相关专业部门或机构进行业务的协同处置。虽然中央经济工作会议提出要建立大通关制度，并由海关总署牵头会同国家发展改革委、公安部、交通运输部、商务部、税务总局、质检总局、外汇管理局等部门共同形成《落实“三互”推进大通关建设改革方案》，但一方面随着对外开放的力度扩大和通关效率的要求提高，以及我国在对接国际规则上要按照国际经济法与国际海关法在海关特殊监管区域严格承担“境内关内”的国际公约并受其约束，因此这对海关在如何监管和如何协调部门合作上提出更高的要求。另一方面，虽然国家在顶层设计上制定出台了一系列海关监管制度和政策，但在基层实施当中和具体的实践操作当中还是会受到来自各业务边界僵化、部门藩篱桎梏和利益分割不均等因素的影响，进而造成通关效率的降低和监管制度的难以突破。因此，海关在制度创新上首要的就是实现海关和各相关部门在信息互换、监管互认和执法互助上的信息互通和共享。

二是要完善海关监管中的相关配套政策和法律法规。海关制度创新的本质是要在法治的框架内创新，但更重要的是要将创新后的制度合法化并加以推广。从目前国际上知名的自由贸易区发展经历来看，完善的法律法规和配套的政策是保障制度创新的关键。假如海关在制度创新中缺失法律法规和相关制度的保障，那么就很难破除海关在制度创新中法律依据不足和海关制度创新是否属于合法性的问题，更重要的是无法突破限制海关制度创新的体制障碍。究其原因还是因为我国的体制机制长期以来已经习惯于在保证体制不变的情况调整体制机制，这就造成大部分机构和部门在面对体制机制的问题时，由于难于处理和突破创新便会绕过体制机制的问题。这在短期内看似已经解决问题，能够释放出一定程度的改革动力，弥补了体制上的缺陷，但实质上问题只是被掩盖而未被最终解决，当积累到一定程度之后还会再次爆发新的问题甚至较之前的问题更严重，因此如果阻挡前进的体制未得到最终的改变，便会从根本上限制机制作用的发挥。海关的制度创新同样涉及诸多体制和机制的问题，例如由于大部分事权属于中央事权且基本上已经由相关法律予以固化，因此很多规定成为海关制度创新中的体制障碍。以国际贸易“单一窗口”的建设为例，海关一直依托自由贸易试验区积极探索国际贸易“单一窗口”模式，现有的功能包括货物进出口申报运输工具申报、税费办理与支付、企业资质办理、贸易许可申请和状态信息查询等6个模块，并将业务扩大到海关、检验检疫、海事、边检、商务、国税、外汇、食药监、林业（濒危管理）等17个口岸和贸易监管部门，已经初步具备了国际贸易单窗口的基本架构和主要功能特点。按照海关监管服务改革“一站式”申报查验作业，企业只需通过“单一窗口”进行一次录入即可一次完成向海关、检验检疫的申报，并且海关与检验检疫合并后实行共同实施查验，关检均需查验的货物只需要进行一次开箱查验，按照“就高原则”对无特殊要求的查验比例进行融合，进一步减轻了企业负担。实施“单一窗口”模式从预期效益来看，企业会大大缩短通关时间并且降低通关成本和提高效率，最终会获得通关便利化的诸多收益。但是，在按照WTO《贸易便利化协定》中所要求的“单一窗口”要求与目前我国海关实现和推行的“单一窗口”在覆盖面、功能以及申报流程上还存在差异，其实质还是在于各业务部门间的协调和数据共享问题仍未解决，只是在形式上趋于统一，这就会导致我国海关实行的“单一窗口”在实质上不同于国际版的“单一窗口”，最终会造成在通关效率和方式上与国际规则和标准的差异。因此，要改变这种不同和差异首先就要改变部门之间缺乏协调合作的关系，但更重要的是需要加紧制定和完善海关在监管制度上的相关政策规定和法律法规，全力保障海关监管在制度创新上的突破，破除因缺少法律法规和政策措施导致的对制度创新的阻碍。(www.daowen.com)

三是要大力提升海关的改革创新力度。当前在世界经济贸易一体化进程的加快过程中，中国的经济发展已经进入新常态，经济发展的方式也在加快转变，新的内生增长动力和外贸出口正在孕育对外开放和输出的新形势，面对这样的新形势和新要求传统的海关监管和制度已经很难适应当下改革前进的步伐和节奏。因此，海关要加快对标国际标准，系统整合海关作业，全面提升科技和创新效能在监管制度中的重要性。对于海关的制度创新一方面要按照将“政策优惠”转变为“制度创新”来提升对创新的认知，在原有政策法规、体制机制的框架下不断地推出创新、推进改革。另一方面还要更加以国际化、法制化、透明化、规范化的标准来对接国际标准，要在实践中更加重视贸易便利化的程度，以是否能够对标国际贸易通关标准来判定和检验海关监管是否促进了贸易便利，是否提升了通关效率，是否降低了通关成本，是否促进了区域经济发展以及是否造就了对外开放的新规则和标准，这也是评价海关监管制度是否提升和是否具有创新的重要考量和标准。