从自由贸易试验区对海关的监管方式和目标定位来看，按照海关监管方式的不同可以划分为海关特殊监管和非海关特殊监管两个区域，在这两个不同的区域按照自由贸易试验区对海关监管的要求和目标，承担着不同的试验任务和制度创新，通过具有特色的异同点在自由贸易试验区的平台上不断开展制度创新和经验探索，以及对标国际标准实施更加符合现代化、标准化、国际化和高效化的海关监管模式。从我国现有的自由贸易试验区海关监管制度创新的目标来看，在海关监管创新的目标上各有不同。

上海自由贸易试验区海关监管创新的目标是要建立适应国际高水平投资和贸易服务体系需要的创新监管模式，促进试验区内货物、服务等各类要素自由流动，推动服务业扩大开放和货物贸易深入发展，形成公开、透明的管理制度。以实施“一线放开、二线安全、高效管住”，简化进出境备案清单和国际中转、集拼和分拨等业务进出境手续，实行“进境检疫，适当放宽进出口检验”模式，创新监管技术和方法。同时建立货物状态分类监管模式，构建相对独立的以贸易便利化为主的货物贸易区域和以扩大服务领域开放为主的服务贸易区域。优化卡口管理，加强电子信息联网，通过进出境清单比对、账册管理、卡口实货核注、风险分析等方式，促进二线监管模式与一线监管模式相衔接，推行“方便进出，严密防范质量安全风险”的检验检疫监管模式。另外加强电子账册管理，推动试验区内货物在各海关特殊监管区域之间和跨关区便捷流转。加快完善一体化监管方式，推进组建统一高效的口岸监管机构以及统一电子围网管理，建立风险可控的海关监管机制。

福建自由贸易试验区按照海关监管方式划分，在自由贸试验区内的海关特殊监管区域，发展目标重点以探索贸易便利化为主要内容的制度创新，开展国际贸易、保税加工和保税物流等业务，在自由贸易试验区内的海关特殊监管区域实行“一线放开、二线安全、高效管住”的通关监管服务模式，推动海关特殊监管区域整合优化。其中对平潭片区按照“一线放宽、二线管住、人货分离、分类管理”原则实施分线管理，除废物原料、危险化学品及其包装、散装货物外，检验检疫在一线实施“进境检疫，适当放宽进出口检验”模式外，还在二线推行“方便进出，严密防范质量安全风险”的检验检疫监管模式。另外在非海关特殊监管区域重点探索投资体制改革，推动金融制度创新，积极发展现代服务业和高端制造业。建立试验区内企业信用信息采集共享和失信联动惩戒机制，开展使用第三方信用服务机构的信用评级报告试点。同时完善企业信用信息公示系统，实施企业年度报告公示、经营异常名录和严重违法企业名单制度，建立相应的激励、警示、惩戒制度。建立各部门监管数据和信息归集、交换、共享机制，切实加强事中事后动态监管。福州海关则针对福建对台贸易便利化、加强闽台经贸合作、承接台湾地区产业转移、建设平潭国际旅游岛促进对台贸易便利化。同时支持航运业务发展，便利两岸往来、产业集聚发展，建设闽台合作窗口，建设21世纪海上丝绸之路、提升两岸海关合作水平，实施优化原产地证书提交模式。

广东自由贸易试验区按照海关监管方式划分，广州南沙保税港区和深圳前海湾保税港区的海关特殊监管区域主要以货物贸易便利化为主要内容开展制度创新，以开展国际贸易和保税服务等业务为主实行“一线放开、二线安全、高效管住”的通关监管服务模式，同时实施海关特殊监管区域整合优化措施，根据自由贸易试验区的发展需要不断探索口岸监管制度创新。如海关特殊监管区域规划面积不能满足发展需求的，可按现行海关特殊监管区域管理规定申请扩大区域面积。除废物原料、危险化学品及其包装、散装货物外，检验检疫在一线实施“进境检疫，适当放宽进出口检验”模式创新监管技术和方法，促进二线监管模式与一线监管模式相衔接，简化检验检疫流程，在二线推行“方便进出，严密防范质量安全风险”。广州南沙新区片区和深圳前海蛇口片区内的非海关特殊监管区域，主要以探索体制机制创新，积极发展现代服务业和高端制造业为主，按照现行通关模式实施监管，不新增一线、二线分线管理方式。珠海横琴新区片区主要是以探索货物贸易便利化和现代服务业发展的制度创新为主，按照《国务院关于横琴开发有关政策的批复》确定的“一线放宽、二线管住、人货分离、分类管理”原则实施分线管理，经一线进入横琴的进口废物原料、危险化学品及其包装、进入横琴后无法分清批次的散装货物，按现行进出口商品检验模式管理。深圳海关针对广东深化粤港澳经济合作、发展现代服务业、加工贸易转型升级、创新横琴分线管理模式等，支持加工贸易转型升级、发展航运物流业、现代服务业，创新粤港澳快速通关模式和探索创新分线管理模式推进粤港澳海关合作，实施出入境维修监管模式创新。

天津自由贸易试验区按照海关监管方式划分，在自由贸易试验区内的海关特殊监管区域重点探索以贸易便利化为主要内容的制度创新，开展货物贸易、融资租赁、保税加工和保税物流等业务，实施“一线放开、二线安全、高效管住”的通关监管服务模式，积极推动实施海关特殊监管区域整合优化改革措施。非海关特殊监管区域重点探索投资制度改革，完善事中事后监管，推动金融制度创新，积极发展现代服务业和高端制造业。对自由贸易试验区内的非海关特殊监管区域仍按照现行模式实施监管，探索口岸监管制度创新。天津海关针对天津发展航空产业、国际航运服务业、增强口岸服务辐射功能、促进区域产业转型升级，支持航空产业发展，拓展国际航运服务功能、产业转型升级、完善通关服务功能、对外贸易平衡发展，发挥口岸服务辐射功能，实施京津冀检验检疫一体化。

辽宁自由贸易试验区沈阳海关，针对发展高端装备制造业、航空产业进行航运中心建设，打造现代物流体系来促进东北一体化协同发展。同时支持高端装备制造业发展、航空产业发展、东北亚国际航运中心建设、现代物流体系建设、开展期货保税交割业务，支持东北一体化协同发展和实施集报集缴制度创新。

浙江自由贸易试验区杭州海关针对大力发展大宗商品贸易，建设国际油品基地、国际矿石中转基地、国际海事服务基地，全力打造舟山航空产业园来建设海洋经济发展示范区和舟山江海联运服务中心。同时支持国际海事服务基地、国际油品基地、国际矿石中转基地、浙江海洋经济发展示范区、舟山江海联运服务中心以及舟山航空产业园等建设，加快实施保税燃油监管创新。(www.daowen.com)

河南自由贸易试验区郑州海关针对承接优势产业集聚，发展国际邮件、快件物流，发展航空经济，打造内陆国际物流中心。全力支持航空经济发展、郑州铁路口岸建设来推动内陆国际物流中心建设、国际邮、快件物流发展、优势产业集聚发展，拓展大宗商品国际贸易，实施跨境电商监管创新。

湖北自由贸易试验区武汉海关针对湖北发展战略新兴产业和高技术产业，有序承接先进产业，打造长江中游航运中心，构建国际物流枢纽。支持战略性新兴产业和高技术产业集聚发展、有序承接先进产业来构建国际物流枢纽、建设长江中游航运中心、海外寄售代销和特色农业发展，推进国际产能和装备制造合作，实施中欧班列监管创新。

重庆自由贸易试验区重庆海关针对发展加工贸易和航空产业，创新内陆加工制造产业链监管模式，建设渝新欧国际物流大通道，打造长江上游航运中心和内陆国际物流枢纽港。推动内陆国际物流枢纽建设、渝新欧国际物流大通道建设、长江上游航运中心建设、深化“中欧安全智能贸易航线试点计划”项目、航空产业发展、创新内陆加工制造产业链监管模式，实施铁路运邮监管创新。

四川自由贸易试验区成都海关针对发展航空业，支持有序承接产业转移并进行产业转型升级，完善通关服务功能，打造国际开放通道和平台。支持承接产业转移、产业转型升级、国际开放通道和平台建设、长江上游航运物流业发展、航空产业发展、完善通关服务功能，实施支持航空口岸功能建设。

陕西自由贸易试验区西安海关针对发展现代农业、高端产业，加强面向“一带一路”的人文交流与国际合作，推动西部大开发战略深入实施。支持打造面向“一带一路”的高端产业高地，打造面向“一带一路”的人文交流高地、建设“一带一路”国际内陆中转枢纽港、“一带一路”现代农业国际合作来推进与“一带一路”沿线国家产能合作，推动西部大开发战略深入实施以及实施铁路舱单管理新模式。