边境合作区目前全国只有1个即霍尔果斯边境合作区，其审批权限是由国务院审批。边境合作区的主要功能包括国际中转、配送，国际采购、转口贸易、保税加工、保税物流及商品展示，实行封闭管理，享有中哈两国共同赋予的特殊政策。霍尔果斯边境合作中心是建立在中哈两国霍尔果斯口岸的跨境经济贸易区和区域合作项目，其最初设想于2002年5月提出，2004年9月24日哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫访问伊犁，两国政府签订了建立合作中心的框架协议。2005年7月4日，国家主席胡锦涛出访哈萨克斯坦共和国，两国政府签订正式协议，决定启动合作中心建设。根据国务院批复，中哈两国共同建设的跨境合作中心总面积4.63平方公里，其中中方区域总面积3.43平方公里，配套区面积9.73平方公里。合作中心将建成投资自由、贸易自由、人员出入自由、高度开放的综合性国际贸易中心，建成集区域加工制造、区域中转、区域采购、金融服务和旅游休闲等功能为一体的内陆型自由港。合作中心中方区域按照“境内关外”模式管理，人员和货物可在中心内跨境自由流动并享有以下优惠政策，即由中方境内进入中心的基础设施建设物质和区内设施自用设备视同出口实行退税。由哈方进入中方区域的基础设施建设物资和区内设施自用设备免征关税及进口环节增值税。旅客从中心进入中方境内每人每日一次可携带物品免税额1 000美元。同时，中方境内、靠近中心的位置将建立面积为9.73平方公里的中方配套区域作为支撑中心发展的产业基地。其享有的重要政策包含境内外货物入区保税、境内区外货物入区退税、区内企业之间的货物交易免征增值税和消费税等。哈萨克斯坦特惠政策包括对财产税和利润税进行减免，对投资项目所需设备进口关税最长可免除五年，国家实物赠予不超过总规模30%的财产所有权和土地使用权。霍尔果斯边境合作区设有专门管理机构，进出口货物实行“一线放开，二线管理”，即进境货物出具清单，进出口报关单在二线出具，但统计按进出境口径上报。值得注意的是，除海关外该区域由于跨国（边）境，边防部队还对出入境的人员进行管理。(www.daowen.com)