综合保税区和保税港区一样，是目前我国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。综合保税区虽然与保税区只一词之差，但却功能更为齐全，它不仅包含了保税区、保税物流园区、出口加工区等多种外向型功能区，更是一种开放的形态，也更符合国际惯例。因此，综合保税区可以看作设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，实行封闭管理，区内可以开展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务，同时也是国家开放金融、贸易、投资、服务、运输等领域的试验区和先行区。根据现行有关政策，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理部门也对保税区实行相对优惠的政策。企业在综合保税区开展口岸作业业务，海关、商检等部门在园区内查验货物后，可在任何口岸（海陆空港）转关出口，无须再开箱查验。国务院办公厅在2015年9月印发了《加快海关特殊监管区域整合优化方案》，要求现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区将逐步整合为综合保税区，新设立的海关特殊监管区域也将统一命名为综合保税区，并逐步统一海关特殊监管区域的信息化管理系统和监管模式。

综合保税区与自由贸易区具有相似之处，一般可以将综合保税区看做是自由贸易区的前期发展形态。但是从具体的功能定位上看还是有部分区别的，综合保税区的功能定位基本可以涵盖自由贸易区的全部功能，包括最基本的出口加工、转口贸易、保税仓储和商品展示等。自由贸易区的功能定位则是根据设立的区位条件、发展目的、主要功用以及带动成效等因素来确定的，可以随着国内外经济形势的发展进行调整和改变，具有一定的灵活性和变动性。因此，世界各地的自由贸易区的功能定位没有统一的标准；在管理体制上，综合保税区作为地方政府的派出机构代表地方政府管理区内的行政事务，没有全国性的统一法规，行政权力一般仅限于当地的地方性法规。自由贸易区则是由国家设置和管理，区内管理机构代表国家行驶管理权力，由国家出台统一的法律法规和具体的发展措施和管理办法；在海关监管上，综合保税区虽然也实行“一线放开、二线管住”，但在实际运作中还是一线和二线同时管理。而自由贸易区则是按照国家规定实行“一线放开、二线管住”，进入区内的货物监管在区内具有较大的贸易自由度。同样在企业发展上，综合保税区多是沿用保税区、保税物流区以及加工出口区的一些监管政策，对区内的对外账户开放以及分支设立机构等实行严格禁止。非保税区的产品进入保税区视同出口，而保税区产品进入非保税区也视为进口。因此，区内投资注册的贸易企业没有出口经营权，无法在海关注册备案。自由贸易区设定的区域则可以视为“境内关外”，在区内注册的企业可以认定为关境以外，可以享受管理规定内的优惠政策。同时，在区内注册的企业还可以获得外汇结算、离岸贸易、税收减免以及签证自由等优惠政策，并且免于海关监管制度；在相关政策管理上，综合保税区属于境内关外性质，货物一旦进入保税区就会受海关的监管，并且进入综合保税区的货物实行账册管理方式，入区前需要在海关登记且货物在不同地区流动会产生不同的税收限制，在区内的货物保存时间一般最多不能超过五年。自由贸易区设定的区域则可以视为“境内关外”，海关对进入区内的货物实行门岗管理方式，货物在自由贸易区内可以自由买卖和储存，不需要向海关报关，税收采取关税豁免和零限制政策，只有当货物要进入境内非自由贸易区时才需要向海关报关和交税，货物在自由贸易区内的储存时间没有限制。(www.daowen.com)