以公司制为特征的企业产权制度改革标志着“两权分离”理论发展的第二个子阶段。这一理论的发展，源头上有马克思关于股份公司是资本主义“消极扬弃”和向新社会过渡的理论^[3]，也有诸如“企业产权明晰”　“企业合约性质”　（科斯）^[4]和剩余权分享理论（格鲁斯曼，哈特）^[5]的因子。20世纪最后十年现代制度经济学在国内的广泛传播，为这一理论发展阶段添加了助力。最迟到90年代中期，国有企业已经确定了公司制的改革方向。通过“抓大放小”和“现代企业制度”等一系列举措，国有企业逐步实施公司制改制，成为产权独立的市场主体。与实践的发展同步，理论的演进是明显的。新的“两权分离”理论认为，企业经营权的独立必须建立在企业产权独立的基础上。公司法人制度可以是通过公司法人财产权和国家股东财产权的分离，落实经营权和所有权分离的目标。

公司制改革在近十年的时间里继续按惯性将扩大企业经营权当作主要目标，而国家股份资本所有权如何落实的问题却迟迟没有妥善解决。原有的企业主管部门撤销了，新国有资产管理机构没有及时组建。在很长一段时间里，企业产权制度改革的具体方案往往是由企业经营者推动，而不是由作为产权所有者的国家及其代表机构（各级政府）来推动。这意味着改革在所有者弱势甚至缺位的环境中进行，一系列本该由所有者统筹的事情事先没有周密步骤，或者因各种既得利益者的阻挠而推进艰难。比如，国有股全流通改革（或称解决股权分置问题）过程中表现出来的被动与盲目；又如，国有资本转化为社保基金的困难。尤其在改革需要通过产权交易推进的场合，所有者弱势甚至缺位的情况更加常见。比如，引起许多争议的管理者收购，往往蜕变成为企业管理者自编自演的改革闹剧，国有资产流失也就在所难免。(www.daowen.com)