商务印书馆初创时只是以一幢简陋的厂房和简单的设备进行印刷生产，1902年（清光绪二十八年），张元济入馆后在长康里设立编译所，建造了新的印刷厂和发行所。其时，编译所、印刷所和发行所分别由张元济、鲍咸昌和高凤池任所长。1916年，商务在陈叔通的建议之下建立了一个统一机构——总务处。总务处为执行事务之最高机关，其一切事务由总经理、经理执行。1918年9月，总务处改组，分设机要、稽核、进货、存货、出纳、会计、业务、分庄、交通9科及报运股，并规定三所所长定期叙谈，制定每年的工作计划，所与所之间的冲突和摩擦用开会讨论的形式解决。会议商讨事宜以三所意见一致才算通过，否则便下次开会再行商量。同时，发行部改发行所，分设收发处、账务处、批发处、庶务处、本版柜、西书柜、仪器文具柜、收银柜、存书课、存货课、轧销课。次年11月，营业部改隶发行所，12月，商务印书馆中国商务广告公司成立后，以前隶属于营业部的广告股取消，由中国商务广告公司设办事处于发行所内。1922年9月，发行所增设事务部及承印部。王云五任编译所所长之后，1922年1月，编译所改组，在编译所设总编译处，下设国文、英文、史地、哲学、教育、法制经济、数学、博物生理、物理化学、杂纂10部及事务、出版两部，与各委员会、各杂志社及各函授社并存。同年8月，成本会计办事处成立，直属于总务处。因承接印件增多，次年6月，设印件监察处，隶属于总务处。1925年，商务设人事股，负责公司职员之进退、考核及待遇等，隶属于总务处。1930年，王云五出国考察回国后担任商务印书馆总经理，同年9月修订总务处试行章程，总务处原有的会议制取消，由总经理主持总务处一切事务，经理二人辅助之，总务处分总务、人事、稽核、进货、存货、出纳、会计、业务、分庄、交通10科，报运工程2股，收付签字、印件监查、成本会计三处。同时，增设研究所，一处四所的框架由此形成（见附录1、附录2、附录3、附录4、附录5、附录6）。

1932年国难之后，商务撤销总务处改设总管理处，总经理主持总管理处一切事务，举经理两名辅助之，设协理协助总经理和经理。抗战时期，商务印书馆总经理王云五所在地的办事处实际上行使了总管理处的职能，其他办事处必须听命于这个办事处，并统一号令。如战时的上海、香港、长沙三地都有编审人员和印刷厂，都出书，但只有香港办事处可以以商务印书馆的名义发布《发售新书通报》。

1946年5月20日，商务印书馆在第463次董事会上准许王云五辞职。1946年9月24日，时任教育部次长的朱经农到商务印书馆视事。1948年11月，朱经农因出任我国参加联合国教科文组织会议首席代表而辞职。继而，夏鹏被商务董事会聘请为总经理。在被夏鹏拒绝后，又聘请陈懋解为总经理，谢仁冰为经理，谢暂代编审部长，主持编辑部工作。

总管理处设编审、生产、营业、供应、主计、审核6部及秘书处、人事委员会（见附录2）。编审部主要负责商务印书馆出版物的编译、审查、计划等；生产部统辖出版科及各工厂，主要负责出版物的制版、印刷等；营业部统辖分庄科、推广科和上海发行所及各分馆、支馆，主要负责公司出版物的营销；供应部统辖进货科及栈务科，主要负责生产材料及货物的供给、保管和运输；主计部统辖会计科、出纳科及稽核科，负责财务、统计、稽核、收支等；审核部统辖检查科及考工科，负责货物、款项、服务的检查及工作的改良等；秘书处负责文书、契约、保险、股务、收发、庶务及不属于各部或人事委员会的事宜；人事委员会统辖人事科，负责公司职员的进退、奖惩及福利等。秘书处、上海发行所、各科及各工厂根据实际需要分设若干股。

总管理处下设的各部设部长1名，由总经理、经理、协理分别兼任，各科设科长1人或兼设副科长1～2名，各厂设厂长1人或兼设副厂长1～2名，发行所设所长1人或兼设副所长1～2名，各股设股长1人或兼设副股长1人，其余职员无定额，视情况而定。(www.daowen.com)

商务编译所设所长1名，下设事务部、总编译部、编译评议会3部，总编译部统一管理各函授学社、杂志社、编译委员会和各组，是商务出版选题策划、组稿、编辑加工的总负责处，掌握着商务的出版源头。

印刷所是商务的生产部门，是连接编译所和发行所的纽带，它负责商务书刊的印制。印刷所设所长1名，下设事务系、工务系、设计系3系。事务系执掌图书的运输及机器设备的管理和维护；工务系则主要负责具体的图书印务，分设石印股、彩印股、制版股、装订股、铅印股、排版股、制造股；设计系则负责图书的装帧设计、生产统计等。

发行所是商务产品的销售部门，负责商务图书及其他产品的发行与销售，设所长1名，下设各柜、各处及各科。