供销合作社所有制改革始于1981年，当年中央决定恢复供销合作社的集体所有制性质。1983年，酒泉地区和各县供销社开始与国营商业分离，从1984年1月起，各级供销社实行独立核算、自负盈亏、向国家交纳所得税的制度。1989年，全区供销社完善以承包经营责任制为重点的深化改革，同年，全系统共收风险金112.4万元，新扩股金157万元，累计613.7万元。1991年，完善承包经营责任制，实行县属企业领导班子集体承包，基层社实行主任任期目标责任制。1997年，实行以产权为核心的改革试点。1998年4月，酒泉地区种子公司，金塔县种子公司、良种棉收购加工厂，酒泉市玉米原种场、西峰林场、黄粮墩林场，玉门市种子公司，瓜州县种子公司，敦煌市种子公司等9家国有企事业单位的全部资产和肃州区雪丰种子公司的部分国有资产整合，组建酒泉地区现代农业（控股）集团有限责任公司，将瓜州县、金塔县计68万亩荒地采取划拨形式授权现代公司管理经营。在此基础上，由现代农业公司、地区农科所、金塔、瓜州、敦煌三县市供销社共同发起设立甘肃敦煌种业股份有限责任公司。2002年全区供销社推行社有自营，同年系统69户企业，出售3户（酒泉市屯升、下河清供销社、酒泉巨龙集团公司），破产2户（金塔县工业品公司、农资公司），实行股份制改造3户（金塔、瓜州、敦煌棉花公司），实行县基一体化经营合并15户（肃州区基层社），改制为有限责任公司14户（肃州区上坝、总寨供销社，瓜州县农资、兴农公司，敦煌市农资公司、黄渠供销社），租赁经营12户，承包经营20户。2003年全系统69户企业整体出售、破产、兼并等改制，现有企业54户。

在地区供销社改革的同时，各县供销社经改革重组或新建等方式，组建起农副、日杂、工业品、棉花、畜产品、废旧物资等社属企业35户。1986年，全区各级供销社建立60个系列化服务站，发展分销店双代店42处，在城镇和农村中心集镇新建综合商场和农副产品贸易中心5个。1995年，县（市）供销社所属企业全面推行全员劳动合同制。1996年6月，肃州区供销社将所属农副日杂生资公司、综合贸易总公司和棉花公司进行整合，组建起以实力较强的9个专业公司为龙头、19个基层社为基础的酒泉供销集团公司。集团公司下设工业品、糖酒、农副果菜、农机、再生资源、脱水菜、生资、日杂土产、棉花等9个专业经营公司和供销商场、美食娱乐中心、木器加工厂计12个经营单位。同年10月，酒泉供销集团公司列入全省第二批流通企业建立现代企业制度试点单位。将全部资产委托集团公司经营，将酒泉供销集团公司改制为酒泉巨龙供销集团股份有限公司，所属专业公司改制为有限责任公司。1997年10月，玉门市供销社撤并原农副、日杂、工业品、综合服务和食品加工厂5个经营公司（厂），组建玉门市华泰供销（集团）有限公司，下设农副生资、土产日杂、再生资源回收、棉花分公司、工业品批发部、祁连宾馆、食品厂等7个经营机构，对农业生产资料、棉花、再生资源、烟花爆竹等经营业务全部实行职工持股经营。1997年，瓜州县供销社将县工业品公司整体出售，收回资金260万元，一次性全部安置企业职工53人，并偿还银行贷款103万元和部分外欠款，解散了公司。同年，将疏勒河批发部切块出售，收回资金45万元，一次性安置职工。将祁连鞋厂整体合并到布隆吉供销社。1998年5月，酒泉巨龙供销集团股份有限公司召开创立大会，531名职工中的453名自愿认购企业股份，成为职工股东，缴纳股金514万元。同年，金塔县社、瓜州县社、敦煌市社参与设立敦煌种业股份有限公司，对其棉花公司资产实行股权管理。瓜州县对所属农副公司、果品公司实行股份合作制改造。2000年玉门市供销社对华泰集团公司所属玉门市日杂再生资源分公司实行1人牵头，组合10人集体抽资承包经营。2001年，金塔将农副日杂生资公司与县联社分设，更名为金塔县农业生产资料公司。2002年4月，酒泉市社将所属全部企业的负资产整体协议转让给企业时任法人代表马建邦及茹世乐、刘玮琳三人（马建帮承担60%，其他二人各承担20%）合伙经营。将联社所属企业净资产4532.68万元，经市国资局审核剥离不良资产及非经营性资产后产为278.2万元，置换职工身份各种经济补偿金2003.19万元，相抵后净资产负数1724.79万元。同年，金塔县供销社所属农业生产资料公司、工业品公司2户企业实施破产。2003年玉门市供销社所属华泰集团公司在册在岗的71名人员转换身份，有偿解除劳动关系的69人，全部解除原劳动合同关系，办理了手续。同年，金塔县社整体出让日杂公司、供销社车队的产权。同年，全市基层供销社普遍实行业主制和股份制，部分基层社改制为专业合作社。当年全市供销社完成商品销售总额59826万元，农副产品总额57000万元，增长148%，实现利润1462万元，增长417%。综合经济效益名列全市流通行业之首。(www.daowen.com)

2010年2月，《甘肃省人民政府贯彻落实国务院关于加快供销合作社改革发展若干意见的实施意见》发布后，酒泉市人民政府于同年4月发布《关于贯彻落实省政府加快供销合作社改革发展实施意见的通知》，要求各级按照国务院《若干意见》和省政府《实施意见》的要求，推进经营、组织、服务创新，转变发展方式，把供销合作社建设成为农业社会化服务的骨干力量、农村现代流通的主导力量、农民专业合作的带动力量，基本建成“以农资商品、日用消费品、农产品和再生资源为重点”的新农村现代流通服务网络。主要做法，一是发展农业生产资料现代经营服务网络。以县（市、区）供销社农资公司为龙头，以乡镇供销社、专业合作社、村级综合服务社为基础，建设一批农资商品配送中心和物流实体，发展覆盖全市的农资经营服务放心店。二是发展特色农副产品现代购销网络。三是发展农村日用消费品经营网络和发展再生资源回收利用网络。四是通过参股、兼并、托管、加盟、租赁等方式，发展市场化运作和产权多元化的新型基层社。经过几年的发展，到2015年，全市乡镇一级供销社由原来的46个发展到50个，村级综合服务社达到277个。农村超市发展到80个，农家店600个，各类经营服务网点1230个。