同治三年（1864）六月，新疆地区一些少数民族地方势力起兵反清，占领了新疆南部东四城、乌鲁木齐汉城和满城，接着又攻陷了叶尔羌、英吉沙尔、喀什噶尔等城。次年春，伊犁和塔尔巴哈台也先后被占领，清朝政府对新疆的大部分地区暂时失去了控制。一直在寻找机会的沙俄趁火打劫，于同治九年（1870）八月出兵占领穆扎尔山口，扼制了伊犁与新疆南部的交通往来；接着又在同治十年（1871）五月，以防御俄国边界被侵扰为名，出兵侵入伊犁地区，七月又悍然宣布吞并伊犁。清政府与之多次交涉，沙俄拒不撤兵。光绪元年，清政府任命陕甘总督左宗棠为钦差大臣督办新疆军务。光绪三年左宗棠进军新疆，当年十二月平定阿古柏，收复了除沙俄侵占的伊犁地区以外的全部新疆国土，粉碎了俄、英通过支持和利用阿古柏变南疆为其殖民地的阴谋。这时，清政府任命崇厚为出使俄国头等钦差大臣，赴沙俄京城谈判收复伊犁事宜。中俄谈判从光绪五年正月上旬开始，历时近9个月。八月十七日（10月2日）崇厚在沙俄胁迫下，未经清政府允许，擅自与沙俄在黑海之滨的里瓦吉亚签订了《交收伊犁条约》（即《里瓦吉亚条约》）。按约中国仅收回伊犁河上游谷地，划失伊犁西部、南部及南疆、北疆边境土地甚多，此外还要偿付“兵费”500万卢布（约合中国白银280万两）。这显然是一个丧权辱国的条约，朝野纷纷反对。在全国舆论压力下，清廷不予批准，并将崇厚革职治罪。光绪六年正月初十改派驻英公使曾纪泽赴俄修订崇约；同时命令左宗棠统筹部署新疆南北两路边防事宜，以备谈判破裂后，武力收复伊犁。光绪七年（1881）二月，曾纪泽与沙俄代理外交大臣吉尔斯和布策签订了《中俄伊犁条约》和《改定陆路通商章程》。《中俄伊犁条约》当时称《改订条约》，又因签约地点在彼得堡，亦称《彼得堡条约》。《中俄伊犁条约》规定：中国收回伊犁，但霍尔果斯河以西地区割给俄国；赔款900万卢布（约合509万两白银）；吐鲁番、哈密、乌鲁木齐、古城（今奇台）及肃州、科布多（今蒙古吉尔格朗图）、乌里雅苏台（今蒙古扎布哈朗特）开埠通商；俄国商人在新疆贸易，暂不纳税，货物运至嘉峪关减税三分之一；允许俄国在肃州和吐鲁番设立领事。“并准俄商前往肃州（即嘉峪关）贸易，货帮至关而止，应得利益照天津一律办理”^[104]。这个条约和《里瓦吉亚条约》相比，除赔款增加了400万卢布外，在界务和商务方面，中国都争回了一些主权。但它仍是一个俄国通过武力威胁和外交讹诈逼使清政府签订的不平等条约，严重地损害了中国领土和主权的完整，给西北边务、经济发展和人民生活造成了极大的恶果。

根据《中俄伊犁条约》的规定，清政府于1882年4月将肃州（嘉峪关）辟为外贸商埠，设立通商口岸。史料记载，俄国因为国内原因，未派官员来肃州设立领事馆，清廷在肃州驻有税务司。李鸿章选定比利时人斯普林格尔德（汉名林辅臣）担任肃州税务司的税务官，其衙门就设在肃州北城门。肃州口岸的基本任务是监督管理进出关口的货物、运输工具、行李物品和邮递物品；征收关税和其他法定由口岸征收的税费；查缉走私和编制进出口货物统计。肃州是内地通往新疆的要地，凡过往从事与俄国商业贸易的车辆和驮队，必经嘉峪关查验。

肃州商埠设置初期，按照清廷有关税则征税，对进出货物按食、衣、杂分类征税，以茶叶为主的对外贸易，日益兴盛。清王朝向西亚、欧洲市场输出的茶叶，数额巨大。“光绪七年（1881）定约，允以嘉峪关为通商口岸，而往来兴盛。十年后，我国运往之茶，居全数三分之一”^[105]，可见西北茶叶贸易的兴旺。据《清史稿·食货志》记载，光绪十三年（1887），清政府通过嘉峪关输出了价值903万两白银的茶叶和杂货，而从国外进口的货物仅值白银11.8万两，实现贸易顺差981.2万两白银。(www.daowen.com)

肃州商埠的通关，对国内茶叶远销俄国产生了深刻影响。左宗棠整顿西北茶务前茶叶也已经新疆出口俄国，但数量不多^[106]。左宗棠整顿西北茶务后，兰州再次成为西北茶叶贸易中心，大量茶叶由此向周边各地散售。这引起了俄商的贪婪，他们利用侵略特权在新疆大做非法茶叶生意，并无耻地说“中国人做茶叶生意是很小心的，但我国（指俄国）商人经营茶叶的条件却很不错^[107]”。为了尽可能多地榨取茶利，他们企图利用西北茶市兴盛的条件，就近从兰州购买湖北、湖南茶运回国内向中亚地区发售，并在新疆抛售。自肃州（嘉峪关）开关后，河西走廊实际上被囊括进俄商货贸易的市场地理范围，如每年经河湟进入丹噶尔的洋布匹约5000匹，大半销于蒙藏；洋缎400匹，半数销于蒙藏。河西俄货最多，日货次之。每年从安西输入洋货有十多个品种，其中洋斜布1000匹、洋布900匹、毛头纸3000令、绒鞋11000双、亚尔缎400匹、洋瓷盆800个、洋火300箱^[108]。

光绪中期以后，酒泉各地商业贸易逐渐恢复。据俄国人记载，19世纪末，肃州城内共有200家店铺。从光绪二十七年（1901）即在肃州、敦煌一带开始活动的西方传教士Mildred Cable女士，后来在英国皇家地理学会《地理杂志》上撰文描述她所见过的肃州市场。她说：肃州是中国西北最重要的市场，离长城口门的嘉峪关仅十五里。它的东部是土耳其斯坦干果商、西藏皮货商和蒙古驼毛商的交易场所。肃州东部是我第一个要介绍的中亚繁荣市场。街市上骈列着土耳其斯坦的商人，陈列着华丽的地毯和土耳其斯坦的布匹。并有堆积如山引人馋涎欲滴的瓜果。穿着高装靴子的少年们，戴着吐鲁番或喀什噶尔土风的头饰，赶着驴驮从人丛中经过。直到清末，肃州仍不失西北民族市场的重要地位。自光绪七年（1881年）肃州开为商埠以后，肃州的民族贸易在准噶尔互市长期停止之后又迅速繁盛起来。沿东南而来者主要是陕西大布与纸张；沿西路而来者主要是葡萄干、杏干、棉花及各种俄货等；沿北路来者主要是火柴、布匹、器皿等京津杂货；敦煌棉花亦在此地集中；青海的皮毛、牲畜则越南山而来。城内外各种商店多达数百家^[109]。