乾隆二十四年，朝廷与准噶尔的战争后，天山南北悉入大清版图。第二年，参赞大臣阿桂就率军前往伊犁驻防兴屯，并统辖天山南北的军政事务。乾隆二十七年十月，清廷正式设立总统伊犁等处将军，伊犁由此成为当时清朝统治天山南北的军政中心，行使中央政府对新疆的主权。此后清廷将大量河西驻军移驻伊犁，以此为标志，表明我国西北边疆地区已向西延伸，军事、经济重心也随之西迁新疆，西北军政、经济格局发生重大转变，肃州在此背景下军政地位和商业地位明显回落。

新疆平定之后，中亚诸部就纷纷入觐朝贡，请求通市贸易，西北边贸地点遂移至新疆。此后中亚与南疆的贸易发展迅速，“布鲁特、霍罕、安集延、玛尔噶朗等贸易之人，络绎不绝”^[92]。嘉庆十五年，浩罕朝贡者由京返到哈密时，就“骑马十九匹，其行李货包秤重五万三千余斤，别系沿途添买货物，愈积愈多，计需车88辆^[93]”。乾隆五十五年，查获的从喀什噶尔、叶尔羌和乌什等处私贩入境的俄国产皮张计有灰鼠皮20000张、水獭海龙皮200余张、香龟貂皮1000余张等^[94]，从一个侧面反映出这种贸易的规模之大。而阿克苏以“八城往来之孔道，广袤千有余里，回夷万余户，致使商贾辐辏，贸贩鳞集”^[95]。随着商业的向西转移，出现了大批山、陕、苏、浙商人西行新疆贸易的现象。这使得众多商人“知新疆伊犁、喀什噶尔等处，与哈萨克……在俄罗地方贸易往来，将大黄带往新疆，转售与俄罗斯”^[96]。这些都表明，肃州在军政地位下降的同时，西北边贸的重心也随之移至新疆，使肃州贸易格局发生重大变化。

民族市场的重心外移，肃州不再是西北唯一的民族贸易地点，商埠地位逐渐丧失，导致西北的主要商业线路的变化。由“乌鲁木齐—兰州—汉中、重庆—长江沿线”成为清中、后期以来西北主要的商业路线与商业市场，由此沿途出现一些新兴城乡市场，如兰州、凉州、安西州等。乾隆时期，酒泉西部地区的敦煌、安西随着移民增多而设州县，“安西镇城控制东西，为商品聚集之地……东门外尚有客民自盖房屋，在关内拨运货物，开设铺面，现有一百数十余家，大街南北，店铺面大小不等，共计九百余间^[97]。”而此时肃州的商业地位已不能与前相比，而被河西大镇凉州和省城兰州所取代。(www.daowen.com)

虽然失去了商业的中心地位，但肃州作为甘肃的地方性中级市场，仍然是内地商品进入新疆的必经通道，成为东西往来与商品贸易的重要市场，是当时民族贸易的集散地之一。如乾隆二十六年（1761），西宁办事大臣多尔济奏准商民领取“印票”，“径自出口，在蒙古游牧买羊易货之后，分进口内售卖”^[98]。“甘、凉、肃州羊客买得羊只，千百成群”^[99]。乾隆二十九年（1764），将军明瑞奏明：“每年由陕、甘额调茶叶十一万一千五百斤存库收贮”^[100]。道光初，清政府规定甘肃官茶年例应出关20万封，但实际销至40万至50万封。“皆以无引私茶影射”^[101]之故。乾隆三十四年（1769），新疆交易绸缎共应12050匹。乾隆四十年（1775），新疆各处应需贸易绸缎，都是由江宁（今南京市）、苏州、杭州三个织造厂专门织造，解送凉、甘、肃，转运到新疆的。

清末，肃州城镇经济发展明显回落。特别是同治四年，回民反清军占据肃州城，至同治十一年清军平息战乱，肃州经济出现严重的萧条，表现为“城为所据者十年，昔日豪华之地竟成瓦砾之场……虽大难之后聚难复原，而中外交通弥尔……逆回变乱仓尽毁，唯存残阁”^[102]。肃州的商业受战争影响，萎靡不振。“肃州自遭兵燹，惟余一片焦土”，虽然复业日久，但“欲如旧时之盛，非数年修养不能”。嘉峪关在战争前曾经是仕宦商旅出口入关必宿之地，战后虽然“客路畅通，西域行旅络绎不绝，列肆陈货者亦渐来集，但未能如旧尔”^[103]。光绪十六年（1890），俄国人格鲁姆·格尔日麦洛在其《中国西部旅行记》中，对当时肃州的商业状况作了如下描述：“肃州现有汉人3000户，东干人和汉化的唐古特人近百户。城内没有气派的建筑……从北门到中门的这条主要街道上，建有大小商铺和货摊……肃州富有的商铺不多……”。