元代“丝绸之路”酒泉过境道走向为出肃州经赤斤（今玉门市赤金镇）、瓜州，到沙州，出沙州西南行，经南湖、安南坝、笈笈台（均在今阿克塞境内）、罗卜（今新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州若羌县），与“丝绸之路”南道汇合，再经怯台（今新疆维吾尔自治区且末县东南）、斡端（今新疆维吾尔自治区和田县）、鸭儿看（今新疆维吾尔自治区莎车县）、可失哈儿（今新疆维吾尔自治区喀什市），越葱岭到中亚、西亚至欧洲。至元八年（1271），马可·波罗就是沿着这条道路，由西向东经若羌到沙州，经瓜州、肃州、甘州、凉州，出河西走廊以东前往元朝大都的。另一条道路自瓜州起西北行，经白墩子、小泉、大泉、红柳河，到伊吾（今新疆维吾尔自治区哈密市）与“丝绸之路”北道路汇合。

元成宗贞元元年（1295），设瓜州、沙州至曲先（今青海格尔斯库勒湖附近）驿道，元代称此道为瓜沙至曲先道，属于沙州路管辖。此道出瓜州、过敦煌、越当金山口，经察巴合（当金山口南）入柴达木盆地到曲先答林，是一条出敦煌越当金山口南下乌思藏的通道。

纳怜站道是元大都（今北京市）沟通察合台汗国与拔都兀鲁斯联系的军用道路，其走向以大都为起点，经纳怜，过额济纳旗到今金塔县，抵肃州，再经瓜州、沙州进入新疆地区。其中，纳怜站道所属的额济纳旗至酒泉段线路，基本与汉代居延道相重合，元代又称“甘漠大道”，是“丝绸之路”在酒泉境内又一条重要交通要道。(www.daowen.com)

蒙元时期，传统的河西走廊道路重新畅通无阻。但走向不同。由奉元起始，经咸阳、兴平，至此分路。其中正西一路，由武功至凤翔，接正北小川至兰州，再西转至西宁。从凤翔往正西又有一路，经临沂、沂阳可至执昌、临洮。正北一路，由甘州至沙州，途经舍站、忙不剌、肃州、赤斤、瓜州等驿站。由沙州行千余里至兀端（和田），与通往中亚的草原“丝绸之路”相接连。