生理学也是16、17世纪在欧洲发生的科学革命的重要内容之一。古希腊之后到14世纪之前，古罗马名医克劳迪亚斯·盖伦（Claudius Galenus，129—199）的学说主导着西方人对人体生理现象的解释和思考。盖伦认为，大自然（或造物主）所做的一切都有其目的，人体的结构完满对应于它的功能，尽善尽美到都不可能再有改进。他采用了柏拉图（Plato，427BC—347BC）的灵魂三分说，认为三分灵魂分别位于大脑、胸部和腹腔内。盖伦还将柏拉图确定的灵魂三种功能与伊雷西斯垂都斯（Erasistratus，约304BC—250BC）确定的三种基本生理学功能结合起来，提出了生理学的三份组成框架——大脑、心脏和肝脏，并且强调三者不是完全独立而是相互联系的：大脑是神经的源头，心脏是动脉的源头，将维持生命的动脉血输送到人体的所有部分，肝脏是静脉的源头，用静脉血为身体供应营养。在这种结构中，盖伦认为静脉血要通过将心脏的右心室与左心室分开的室间隔膜上的微孔（戴维林德伯格，2001）133—134。16世纪之后，由于解剖学的发展，人们开始对心室中具有带孔洞的隔膜结构这一说法提出质疑。比利时医学家安德烈·维萨里（Andreas Vesaliua，1514—1564）于1543年在其《论人体结构》一书中最先对此提出质疑和挑战。维萨里生于布鲁塞尔，曾在布鲁塞尔、卢万、巴黎和帕多瓦等大学求学。他于1537年任帕多瓦大学的解剖学教师。维萨里打破当时的惯例，亲自给学生展示和解剖人体的各个部分并指出同盖伦著作相矛盾的地方。1543年，维萨里发表了他的伟大著作《论人体结构》，这部书遭到了非议。这部和哥白尼的革命性著作同年发表的书也是一部划时代的著作，因为它对人们的世界观的冲击不大，所以得到较快的传播和接受。该书论述的程序基本上仍沿袭传统的做法，主要思想基本上也是传统思想。这部著作的独创之处主要是最后一章，介绍了他的活体解剖方法。维萨里用的方法和器械都是新颖的、划时代的，许多方法在很大程度上仍是现代解剖技术的基础。此外，他在解剖学的细节方面也有许多发现，纠正了几百个过去的错误（沃尔夫，1985）469－470。

维萨里的工作还包括对动脉血液的形成进行新的解释。血液循环的工作是由英国生理学家威廉·哈维完成的。威廉·哈维生于福克斯通，在剑桥大学受教育。1597年，他到帕多瓦大学学医，当时伽利略在那里任教。1602年，哈维离开大学定居伦敦开业行医，弗兰西斯·培根是他的客户。1607年，哈维被选为皇家医学院院士。1615年任皇家医学院的解剖学讲师。1616年哈维在学院讲授课程中已经提出了他的血液循环理论的大纲，直到1628年他的不朽之作《心血运动论》才出版发行。在该书中哈维提出了著名的血液循环学说，1649年他又出版了这本书的补充版《论血液循环》（沃尔夫，1985）473。《心血运动论》通过大量的解剖学实践，批驳了盖伦的许多错误观点，例如，脉搏和呼吸的目的都是吸入元气，以保证血液的通风散热。哈维指出心脏排出、动脉接受的是血液而不是所谓的元气，并且动脉和静脉里流动着的同样是血液。该书被誉为生理学历史上最重要的著作，其意义并不在于临床应用，而在于它是历史上第一次对人体生理过程进行了科学的说明和解释，它标志着现代生理学的开始。正如恩格斯所评价的：“哈维由于发现了血液循环而把生理学（人体生理学和动物生理学）确立为科学。”维萨里和哈维的开创性工作，使得生理学成为16、17世纪的科学革命的一个重要组成部分，成为开启现代科学的重要一步。(www.daowen.com)