瑞士化学家和医生帕拉塞尔苏斯（Paracelsus，1493—1541）的学说极具叛逆性，在16、17世纪很有影响。他的知识十分庞杂，包含炼金术、冶金、制药等，他提出用“汞、硫、盐三要素”理论来描述一切东西，他认为创世是一个化学过程，造物不过是一个“化学的凝练、分离、纯化与结合的过程”，自然是用化学术语描述的，因此化学是理解自然的钥匙（周雁翎，1991）。帕拉塞尔苏斯可被视为近代化学的先驱。英国化学家罗伯特·波义耳（Robert Boyle，1627—1691）于1661年出版的《怀疑派化学家》标志着近代化学的开端。在书中，他批判了亚里士多德的“四元素”理论和帕拉塞尔苏斯的“汞、硫、盐三要素”理论，并于1666年在其《形式和质料的起源》一书中提出了“微粒理论”。他认为，构成自然界的材料是细小致密、用物理方法不可分割的粒子；粒子结合成更大的粒子团，粒子团往往作为基本单位参加各种化学反应；粒子团的大小和形状决定了物质的物理性质。这样，波义耳就把自然界的物质都看作是由微粒组成的，微粒之间的机械运动则导致物体的宏观运动以及物理性质的变化（沃尔夫，1985）385－390。与其他化学家相比，波义耳更多地以机械论的观点来解释化学现象，以严密的逻辑和必要的实验来检验自己的思想（周嘉华　等，1998）145。后来，牛顿进一步认为粒子之间存在着引力。波义耳和牛顿这种将古原子论发展了的微粒观念在当时已为人们普遍接受。至此，关于自然界物质最终由什么组成的问题，便从帕拉塞尔苏斯的三元素说，发展到波义耳和牛顿的微粒论，最后完全取代了亚里士多德四元素说的传统观念，实现了在这个问题上的革命性更替。波义耳一开始就主张不应当把化学视为一种制造贵重金属或者药物的经验技艺，而应当看作是一门科学、自然哲学的一个分支（沃尔夫，1985）386。马克思、恩格斯也赞成这一观点，认为“波义耳把化学确立为科学”。

从1655年开始，玻义耳雇用英国博物学家、发明家罗伯特·胡克为研究助手，帮助他研制抽气机。1662年，胡克被任命为皇家学会的实验管理员，翌年当选为会员。从1662年直到1703年去世，胡克在皇家学会做了大量实验。他既是技艺精湛的实验家，又是学识极为渊博的思想家（沃尔夫，1985）391。(www.daowen.com)

化学成为英国的实验哲学与机械论哲学融合的完美产物。化学研究中不可避免的经验属性引导着英国的思想者得出了既能在笛卡尔主义下得以解释，又能在机械论哲学下得以解释的结论。因此，英国的实验哲学是一个混合体，这一哲学接受物质的基本粒子具有特殊的化学属性，同时它是一种机械论的哲学（Mechanical Philosophy）。