在16、17世纪的英国，自然哲学家大都有紧密的联系，在一些特殊的问题上合作，共享研究方法或是理论假设。最早的自然哲学家群体是17世纪初数学家与自然哲学家组成的三人小组——三贤士（The earl of Nothumberland’s three Magi）（Shirley，2013）。前文提到的哈里奥特是重要成员，还包括华纳（Walter Warner，1563—1643）和休（Robert Hues，1553—1632），他们在数学、原子论以及炼金术上都有共同的兴趣。卡文迪许（William Cavendish，1731—1810）在维尔贝克（Welbeck Abbey）成立了松散的自然哲学家组织，包括霍布斯（Thomas Hobbes，1588—1679）、佩恩（Robert Payne，1596—1651）等一些自然哲学家参与，他们都对混合数学（mixed mathematics）尤其是光学感兴趣。1640年，一群年轻的医师，被哈维（William Harvey，1578—1657）的解剖学所吸引，在牛津附近一起做起了研究。还有被波义耳称之为“无形学院”（Invisible College）的不定期的聚会，形成了以威尔金斯（Jonathan Wilkins，1614—1672）、沃利斯（John Wallis，1616—1703）、伊夫林（John Evelyn，1620—1706）等人为主的一个学者群体。无形学院也可以被看作是皇家学会的前身，因为之后成立的皇家学会，创立者也主要是这一批学者，而且早期的皇家学会仍延续着无形学院的活动（罗兴波，2012）。

这些松散的学术组织之前也有相互联系，霍布斯就曾经与很多类似的小组通信，交流思想和实验的进展。同时，早期的英国哲学家通过一些教士与笛卡尔（Descartes）、贾森迪（Gassendi）等欧洲大陆的学者之间相互沟通。尽管与那些哲学家保持着一定的联系，但是英国依旧保持着特殊的实验哲学与经验主义属性。英国的自然哲学家们的炼金术、生理学方面的知识保护他们免于受到严格的机械论哲学影响，而后者则是笛卡尔主义生长的根源。英国拥有培根主义的巨大光环，并接受了从意大利传入的新柏拉图主义——把数学作为一种自然哲学的研究方法，这两块科学最坚实的基石都在英国铺就。这一时期的自然哲学家们的研究对后世，比如对牛顿等人的研究产生了巨大的影响。吉尔伯特在16世纪末发展了“磁力哲学”（Magnetical Philosophy），用复杂的实验方法来证明地球是巨大的磁石，和其他磁石一样，地球具有旋转并保持旋转的轴心的能力。磁力哲学理论在17世纪一直影响着物理学家们。牛顿便是在与其他自然哲学家的书信中了解到了磁力哲学，将其从笛卡尔的行星运动假设中解放出来，才着手解释约束离心的力并发现了行星运动的规律。磁力哲学在牛顿手中转变为后来的万有引力定律。

最重要、最具影响力的自然哲学家的合作小组当属皇家学会，但是，皇家学会却不仅仅是三人研究小组的扩大版本，它不是一个偶发的、具有相似思想和意识的自然哲学家的小圈子，而是特意打造而成的一个包容不同传统的思想家的社团，并希望推动自然哲学改革（Henry，1992）178－210。为数不多的自然哲学家引发了这次革命，他们赞同培根的想法，认为完成伟大复兴（Great Instauration）的路径必然是科学之路，并拒绝笛卡尔认为的“人类难以通过艺术家的手，或是人类的工作完成完美的工作”（Hunter，1989）99－116。

皇家学会起源于两个分别诞生在伦敦和剑桥的小的科学社团，它们都推崇实验主义，其中不乏哈维的解剖学小组的成员及磁力哲学群体的自然哲学家们。直到波义耳将培根主义带入这两个群体中，培根的改革自然哲学的思想开始受到大家的重视。培根对自然哲学的追求不仅仅是发展文艺复兴时期的强调道德责任的人文主义这么简单。培根改革自然哲学的想法源自哈特莱伯^[3]（Hartlib Circle）等人，他将这种自然哲学的改革上升到社会、教育以及宗教改革的需求之上。同时，波义耳参加了无形学院，无形学院的成员们都对实验化学感兴趣，同时认为知识应该有益于人类。培根的想法和他的哲学，在空位时期，影响着人们对自然哲学的认识。因此，当皇家学会在1660年成立（王朝复辟的年度，查理二世颁布皇家特许状）的时候，其成员很快发展出培根哲学以支持学会，甚至所做的研究计划多冠以培根主义（Baconian）之名。

皇家学会的培根主义哲学的特征是强调并坚持收集和构建事实，承诺拒绝沉溺于不成熟的推理性理论（Speculative Theorizing）。我们对17世纪英国的理解必须在一个合适的语境中进行，这种语境不仅仅是思想、实验层面的，还有其所处的微社会（microsociology）。科学家得到的经验结论不仅来自物理世界，同时也来自心灵世界、社会世界。科学家不仅仅是科学家，更重要的是其社会人的属性，他们生活在一个更广阔的社会文化域中。

皇家学会的创始人本着专业和声望两个原则，遴选出第一批会员，共40人。学会的活动也很快引起查理二世的注意。雷恩的家族信奉英国国教，复辟后也成为英国国教的领袖，因此雷恩也得以在国王面前表现其非凡的科学才能。他代表了英国国教和正统的新哲学革命性观念的结合，因此能够让这个新的知识体系既有传统，又有革命的动力。他喜欢追求实际的和有利润的实验，也经常研究出具有较强视觉效果的实验，在原本社会上稀有的研究中看起来卓越出色。同时，艾弗林出版的《成立图书馆的建议》第一次将学会称为“皇家学会”。他出版了关于伦敦城市规划的书——《防烟》，引起了查理二世的关注。艾弗林成为皇家建筑师，对伦敦的道路规划、污水工程等献计献策，新哲学不只是学院或实验室的论战，也应用到了解决日常的社会问题之中。

从第一次聚会、讨论开始，皇家学会就被预设为实验的场所，每个星期都要求特定的会员示范成果，以教育或娱乐其他人。学会鼓励会员把自己的想法和实验带来展示。学会明显地分为两派人士：一是主要的实验者，如瓦德汉学院的成员、鉴赏家艾弗林；另一派则是来看热闹的贵族和上流社会的人士（贺利思，2012）。(www.daowen.com)

然而，如果实验没有哲学理论做后盾，就只不过是游戏而已，这些思想赋予各种探索以意义。当时许多思想家都在读笛卡尔的《方法论》，采用演绎法，先提出假设然后再设计实验来证实。但是牛津瓦德汉学院的学者们却不以为然，因为刚经过了战争，体会到教条与理论的可怕，雷恩和他的同伴都希望能够有一种新办法，可以避免所有假设，只从眼前的事实与客观的材料得到结论。他们崇尚提倡归纳法的培根，认为应该先有实验再有理论。1662年，皇家学会获得了国王的第一张许可执照，被赋予了伦敦市法人团体的特权。在诏书中，国王宣称自己是学会的创立者和赞助人，学会的名字改成“以实验促进自然知识之皇家学会”，会训为“除非科学实证，勿轻信人言”（莱昂斯，1990）。

胡克（Robert Hooke，1635—1703）是皇家学会培根精神的最佳代言人。由于学会的实验活动太过随意，1662年学会提议胡克作为永久实验管理员来管理组织学会的实验活动。胡克在学会一年的工资为80英镑，这使他成为全世界第一位职业科学研究员。这期间，海事科学和航海是整个学会都十分希望探索的领域，也是英国最重要的课题。英国的财富来自大海，而了解海事法和海事机械的发明不只有应用价值，更有经济效益。

皇家学会的许可证允许其不经官方的审查，自由出书立传。学会所出的第一本书是1664年艾弗林的《林木志》（Sylva，1664）。这本书一炮而红，不仅奠定了艾弗林当代首要园艺评论家的地位，同时也在所有的尖端领域打响了皇家学会的名声，让它不仅是测量空气重量、海洋深度的中心，而且也是具有真正重要实用价值的机构。

学会印刷的第二本书是胡克的《显微镜制图》（Micrographia，1665）。这本书用壮观的视觉效果传递了新哲学的中心思想——培根的实验哲学。胡克认为，科学是发现真理和知识最重要的一环。自然科学太久以来被当成是知识智慧与幻想的产物，这样的观念必须要用“真实、机械、实验哲学”来取代。胡克对物质的研究从人工物品开始，观察人工物是为了显示其不精确，借以比较自然的复杂之美，提升人工物的水平。胡克插图中的苍蝇的复眼等微观世界为读者开启了一个新世界，而胡克也通过自己的努力，在王朝复辟后，在新时代找到了属于自己的自然哲学实验家的角色。

从总体上看，与意大利的资助制不同，英国的上层社会热爱科学，将其视为一种高雅的爱好，同时这种爱好与自然哲学家的旨趣、国家的文化变革相互促进、相得益彰，产生了一批对新科学有重要贡献的科学家。科学活动逐渐变得组织化、建制化，这些都为未来英国科学的崛起打下了基础。英国奠基于理性的未来从此展开，科学与有用的知识成为此后国家复兴的支撑。