氟虽是人体必需的微量元素，但摄入过量的氟会引起氟中毒，导致氟牙症，腰酸腿疼，关节僵硬，甲状腺功能失调，肾功能障碍等。防止水源的氟污染，是环境保护的一个重要方面。许多地热水的含氟量很高，有的高达20mg/L，不仅远高于饮用水标准（1mg/L）及渔业水域水质标准（1mg/L），而且高于农田灌溉用水水质标准（3mg/L），因此，对高氟地热水必须进行除氟处理，方可利用或排放。

除氟方法有吸附过滤法、投药沉淀法、电渗析法、离子交换树脂法、反渗透法、水生植物吸收法及电凝聚法、磁水器法等。

吸附过滤法是将地热水通过活性滤料床，氟被吸附，从而使水的氟含量达到要求的标准。使用后的滤料通过再生可再用。滤料有活性氧化铝、活性铝盐、烃基磷酸盐、沸石、复合胶泥、骨炭及其他多孔物料，如麦饭石、活性炭、炉渣等。目前国内应用最广泛的是活性氧化铝吸附过滤法。

投药沉淀法又称混凝沉淀法，多用于高氟水的前处理。沉淀剂有石灰、石灰—铝盐、石灰—镁盐、石灰—磷酸盐等。使用这种方法要注意含氟沉淀物带来的二次污染问题。

电渗析法是在外加直流电场参与下，使离子分离的电解过程。这种方法结构简单，操作容易，不需要特殊维修，可长期稳定运转。但有极化结垢问题，需定期清洗，才能稳定运转。

离子交换树脂法是用树脂材料中的氢离子或氢氧根离子置换水中氟化物的相应离子。交换树脂饱和后通过再生可重复使用。这种方法除氟率可达80%～90%。(www.daowen.com)

清洁能源工程反渗透法是使地热水强制通过半透膜而去氟可达88%～92%。

水生植物吸附法是利用水生植物，如芦莲，可起到降氟的效果。

在选择除氟方法时，应考虑地热水的特点：水流量大；温度高，一般是50～80℃；水质成分复杂，原则选择除氟方法。

此外，地热水对金属结构的腐蚀及防腐，地热水的防垢与除垢也是地热能开发利用值得注意与研究的问题。