1958年9月，宁夏农业科学研究所成立，设有森林系和园艺系。自此宁夏有了专业林业科研机构。1979年宁夏农业科学研究所扩建为宁夏农林科学院，森林系和园艺系分别扩建为林业研究所和园艺研究所。1985年新设立了枸杞研究所，2000年9月又新设立了荒漠治理研究所。至2020年，自治区级林业科研机构共有林业、园艺、枸杞、荒漠治理4个研究所，均属自治区农林科学院管理。共有职工960多人，有技术人员160多人。2000年6月在科技体制改革中，宁夏林业研究所率先改制为股份制科技企业——宁夏林业研究所股份有限公司。2016年3月更名为宁夏林业研究院，组织关系隶属于自治区林业厅（林业和草原局）管理。

宁夏林业研究院主要依靠植物组织培养快繁和工厂化育苗方面的技术优势，自2000年至今，已完成国家及宁夏各类研究与开发项目20余项，建立了林木种苗快繁技术体系、工厂化生产工艺流程体系和配套设备组装集成工程化体系，并于2003年承建了国家经济林木种苗快繁工程技术研究中心，实现了宁夏国家工程技术研究中心零的突破。公司在该领域已获得国家专利6项、宁夏科技进步奖8项及多项自有技术。

2000年以来开展了枸杞、葡萄、枣树等具有明显西北区位优势的经济林木种苗产业化开发，并针对中国北方城市园林绿化高速发展与城市水资源匮乏的矛盾，选育、开发出了适合干旱缺水地区气候土壤条件的耐旱型园林绿化观赏植物金叶莸、紫花醉鱼木、黄花矶松、马蔺等优新品种，在中国的西北、华北、东北及中原地区示范推广。

宁夏林业研究院通过不断的市场探索，形成了种苗产业、园林规划设计与绿化工程产业及酿酒葡萄产业等三大主营业务。拥有市政风景园林设计资质乙级、园林绿化施工资质二级、工程咨询资质丙级证书。主要营业范围包括园林景观工程总体规划设计、园林方案、施工图制作、效果图制作、园林植物、灌溉、灯光、建筑、雕塑、小品等单项设计；可行性研究报告编制、技术咨询、园林景观工程施工及林果花卉种苗繁育。

宁夏林业研究院设有宁夏森淼园林景观规划设计院、宁夏森淼园林景观工程分公司、宁夏森淼种业（有限公司）、宁夏林果花卉快繁中心（有限公司）、宁夏森淼无核葡萄有限公司五个生产经营部门。(www.daowen.com)

2007年7月，申报获批组建国家重点实验室——种苗生物工程重点实验室。实验室建有大田模拟实验室1 300平方米，半设施化栽培实验示范区3 500平方米，设施栽培示范区2 400平方米。拥有植物生理生态监测仪、自动气象站、多功能土壤养分测试仪等38台（套）仪器设备。

实验室先后承担的项目有“宁夏自然科学基金项目——红地球果实膨大规律及调控生理研究”“科技部国际科技合作研究项目——宁夏出口鲜食葡萄优质丰产栽培及贮运保鲜关键技术合作研究与示范”“宁夏农业科技成果转化资金项目——鲜食葡萄优新品种优质高效配套栽培技术示范”“宁夏科技攻关计划项目——林木种苗工厂化生产环境控制设备及信息化集成管理研究与应用”“宁夏设施栽培现代农业综合技术研究与示范”等。

实验室已建成占地面积约30公顷的植物资源收集圃，收集保存植物达80科210属544种（亚种、变种、品种），其中包括国家级濒危植物23种。对已筛选出的有推广价值的植物新品种进行原生长地的生境调查、引种驯化、形态结构特征及生理生化特点的观察测定等，并开展适应性试验研究，了解和掌握了它们的主要抗逆性特征及适应范围，探讨其抗逆性机理，并对其抗逆性进行综合评价。并筛选出了30余种适应宁夏及北方地区生态条件的经济林木和节水耐旱观赏植物优新品种，开发出的节水耐旱园林观赏植物优新品种，不仅在宁夏生态和城市景观建设中大规模应用，还在我国北方的45个城市示范推广。

转制以来，宁夏林业研究院共获自治区科技进步奖一等奖1项，二等奖4项，三等奖4项。