1913年2月，“北洋劝业铁工厂大沽分厂”划归海军部，更名为“海军大沽造船所”，吴毓麟为所长，任海防指挥官兼北洋铁工厂总办。任内他对海军建制及船舶制造多有建树。开始建造长5.5丈浅水轮船一只，7月造成，定名“飞马”号。是年，各厂各坞可随时兴修船只。

当时有职工约220人，除给海军修理船只及承做商家活计外，还和直隶行政公署合资10万元，创办“直隶全省内河轮行局”，并由本造船所赶造小型浅水轮6艘，办理内河航运。吴毓麟诚聘有真才实干的人员，潜心研究造船技术和军火生产，制造出多种长短枪及其他火器，“大沽造”枪在当时闻名全国。1917年仿造马克沁机关枪，试用性能良好。直隶督军曹锟即拨款添制机器，扩充厂房，添盖宿舍及仓库，成立第一号炮场，大量制造枪炮。是年9月又兴建二号炮场。1919年4月兴建三号炮场，当时职工达1600人，枪炮场占80%，船舶场占20%。吴任职期间还先后成立了直东轮船公司和北方航运公司，拥有大型商船10余艘。

1920年4月，为培养人材起见，吴毓麟提议设立大沽海军管轮学校，考取3班，60名为定额，经费由本所盈余花红项下提支补助，校址设于大沽造船所海神庙观音阁。海军部认为该校招收的学生考试程度尚欠完备，部令改为大沽艺术（技术）学校，聘海军部职员陈源亭、徐裕源、朱佩如等兼充教员，吴毓麟为校长。学生毕业后分派本所各厂工作。1922年2月，该校所在地观音阁失慎着火，随即停课。

当时海盗猖獗，吴毓麟作为海防指挥官，为保护沿岸渔业，于1916年9月派“快马”“飞龙”“靖海”等轮执行海防巡缉任务。是年11月，众渔户倡议成立商渔保卫联合总会，吴毓麟为总会长，购置帆船10艘，安置炮位，遇事与炮舰互相联络，设防于郎坨、祁口、大庄河、桃河、扬河口等岸。1917年9月，海盗基本肃清，由吴毓麟兼任大沽警察总局局长。吴毓麟任职大沽造船所期间，是大沽船坞自1880年创办以来最兴盛的时期。(www.daowen.com)

大沽造船所所长吴毓麟

海军大沽造船所

1937年，日本发动全面侵华战争，爱国将领张自忠调224团2营进驻大沽口，7连守卫大沽造船所，后终被日寇占领。1945年8月日本投降，南京国民政府海军部派上校刘乃沂来厂接管。