日本是一个人多地少的国家，人均拥有资源相对较少，在发展现代农业的过程中，十分重视资源的合理利用和环境的有效保护。20世纪60年代以来，日本在农业领域大量采用以石油制品为原料的化肥和农药，推动了农业的迅速发展，结果大量消耗了资源，污染了环境，破坏了土壤结构，造成水土流失，又造成了社会公害，日本也被斥之为“公害大国”。当农业可持续发展浪潮到来之时，日本很快接受这一理念，推出了以合理利用资源和有效保护环境为基础的“环境保全型农业持续发展模式”，其基本内容是：以有机物还田与合理轮作为基础，通过对人工合成化学制品的限制利用和生物肥料、生物农药的大力开发与扩大应用，促使永续利用资源，将有效保护环境同提高农业生产率紧密结合起来，以达到农业持续发展的目的。这一模式要求：一是降低农场外部如化肥、机械、农药等投入来保护环境，防止土地盐碱化，保持和逐步提高土地肥力；同时利用现代生物技术培育适于水地、盐碱地、荒漠和生态敏感区耕作的作物品种，扩大耕地面积，弥补耕地不足。二是以提高效率来保护环境。重视农业系统内部各部门的效率及其与资源系统关系的协调，强调种植业、渔业、林业和畜牧业的比例结构与区域农业自然资源及其组合特点的相吻合，以防止自然资源的浪费和自然生态结构的破坏。三是对农业资源特别是森林进行经济效益评价和测算，指出了森林在防止水土流失和动植物多样性及净化空气等方面的价值，以期保护绿色资源。

日本政府对环境保护重视程度高。日本经过“石油农业”给生态环境带来的不良影响后，政府对保护生态环境，推行生态农业高度重视。从立法、政策、信贷和舆论宣传上积极配合，营造一种社会氛围。在生态农业建设规模上，从具有独立法人资格的环保型农户建设与支持抓起。在技术措施上，从病虫害防治、科学用药、肥料质量、合理施肥等具体技术研究与应用上抓起。在农产品质量安全上，从多种类型的有机食品抓起。在扩大宣传上，省长亲自给有机食品作电视节目广告，给农业环境检测机构授牌。在立法上，从总法、配套法规、单项专业立法等立法执法程序管理抓起。为此日本政府制定了促进导入持续性高的农业生产方式的法律，即“可持续农业法”。根据该法律，为了推进环保型农业的发展，除采取金融、税制方面的特例措施外，还包括堆肥等有机物供给设施的建设、普及施肥、防治病虫害技术、开发相关新技术等。(www.daowen.com)

日本的具体做法是：把用于农业生产的资源划分为两大类：农场（农户）外部资源，如人工光能、人工合成肥料、化学农药、雇工等；农场（农户）内部资源，如自然光能、天然降水、自有资金与自我管理等。20世纪70年代至80年代期间，日本在现代化农业的发展过程中，农场（农户）外部资源的投入呈不断扩大的态势，而农场（农户）内部资源的投入则呈逐年缩小的趋势。这种发展趋势使农业资源和生态环境日益恶化。因此，日本积极探索以合理利用资源和保护环境为基础的环境保护型农业持续发展道路。在这条发展道路中，日本实行的是一种“自然农业”模式。其基本思路是：农作物的栽培，建立在不施用化肥、农药、其他化学制品与人粪尿和只用落叶枯草为原料制作的堆肥基础上，以此方式从事农业生产，来生产必需农产品。该模式的基本点是利用土地本身的生产力来提高土壤肥力。