或许阿奎那为追求私人利益开了一道口子，或许因宗教教义认为人可以通过自己的努力得到神恩，教会首先成为追求经济利益者。教会工作人员按照公共选择理论，也会追求教会甚至个人利益，故教会腐败不可避免，赎罪券也就应运而生。一个人不论其是否行善，只要购买赎罪券就可获得拯救，这使得教会的作为遭到了质疑，要求宗教改革的呼声随之高涨，其代表人物就是马丁·路德。

马丁·路德对教义的僵化和教会的腐败感到愤怒，其主张宗教改革的檄文运用当时由中国传过去的活字印刷得到了广泛传播。其改革中对教义的主张要求恢复到奥古斯丁时代或更早。

宗教改革也引发了政坛变革，各国君主亦向教会争取权利，其结果是君主可自由决定该国及人民的宗教信仰，这为日后的信仰自由奠定了基础。

天主教会为此感受到了危机，开始了自身的革新，同时宗教分歧引发的对新知识的探索和开拓也于此时萌芽。^[13]因为教会的改革不但针对教义和教规，还强调哲学和实验，所以，科学技术的萌芽也找到了适宜的土壤，开始成长。早期的科学家通过对自然现象的科学解释去演绎《圣经》的意义，但由自然研究得到的结果与《圣经》教义并非总是相符，伽利略为研究耶稣的复活日，得到的结果验证了哥白尼的日心说，虽然在其有生之年未得到教会正式承认，但也逐渐得到认可。

另一位宗教改革家加尔文与马丁·路德一样，也认为基督徒是否得救，不依靠善功，只能依赖神恩。既然个人的行为并不能决定死后进入天堂，那么人们将精力关注现世的成功，也可以理解。加尔文主张，在世俗生活中，优胜者是上帝的选民，失败者是上帝的弃儿。与此相对，他在经济领域提出了自由竞争的思想，并且认为做官、积蓄私产、经商赢利、放高利贷，同担任教职一样，都是合乎上帝意志的。^[14]加尔文的思想已经具有了鲜明的资本主义色彩。

文艺复兴及宗教改革是西方社会重要的转折点，民族国家日渐形成，政教分离的理念也渐被接受，古典自然法理论日趋成熟。古典自然法学派的代表格老秀斯从自然法的基本公理出发，总结出五条原则：第一，不得触及他人的财产；第二，将不属于自己的东西和由此产生的收益归还原主；第三，应当赔偿因自己的过错所造成的损失；第四，应当履行自己的诺言，执行契约，承担义务；第五，违法犯罪者应受到惩罚。^[15]这些理念实际上已为资本主义社会的到来奠定了伦理基础。(www.daowen.com)

前文提到，教义的改变引发了对教会的质疑，也会顺理成章地引发对宗教信仰的质疑，而科学实验得到的结果与教义不符，更加深了这种质疑。因此，科学技术发展的进程日益加快，特别是科学之母即数学的进步为科技的发展提供了助力。

不仅如此，宗教改革也引起了法律思想的转变，中世纪晚期思想家的法律思想有一共识，就是宗教不应干涉世俗权力。马西利乌斯论证了世俗权威在教外事务上优于教会权威，且认为世俗主权并非上帝所授，而是来之于民，甚至激进地认为教会和教士不享有财产权。

或许为强调世俗权力的权威，马基亚维利在其《君主论》中甚至认为，世俗权力的核心与哲学、伦理学或神学无关，它就是强权。一切有关正义与非正义、人道与残酷、荣誉与羞耻的思考都必须为其让道。^[16]布丹提出了主权学说，认为主权是共同体所有的且永久的权力，是凌驾于臣民之上的最高的和绝对的权力；并且强调，主权即使由人民赋予，但此权力一旦形成，就不再有任何限制和保留，主权行使者可以不经臣民的同意颁布法律。

此种专制思想的形成期应该看成是由宗教主导的社会向世俗社会的过渡期，但其后很快被民主的共和体制所替代，以适应资本主义经济的发展。