这一方面的研究主要涉及两个方面：一是中国二元税制对农民收入的影响，二是中国二元税制对城乡收入差距的影响。

学者研究二元税制对农民收入的影响，多数侧重于农民负担角度，其中尤以国家税务总局农税局课题组的研究具有开拓性和代表性。该课题组对全国12个省（区）60个县（市、旗）125个乡（镇）进行了深入的调查后认为，农业税收和农民负担具有不可分割的联系，并对农民负担与农民收入的变动规律进行了实证分析。[45]刘书明（2003）认为，“城乡分治、一国两策”的城乡断裂税制格局是我国农民负担过重的根源。[46]杨增旭、罗敏（2003）认为，农民收入的提高受到以下税收因素的影响：我国农业所有的供需弹性特点阻碍了农村税负在农业生产者和农产品消费者之间的合理转嫁，城乡之间生产要素缺乏流动性阻碍了农村税负在农村农民与城市居民之间的公平负担，对农业过重的税负和不相称的政府农业投资使农业只能在低层次上徘徊。[47]苏明（2006）认为，城乡关系不合理的原因之一就是“农村税费政策不合理，加重了农民负担”，[48]肖加元（2006）也持有类似的观点。

关于二元税制对城乡居民收入差距的影响，学者主要从规范的角度提出了相关观点。李生祥（2002）认为城乡居民收入差距扩大的主要原因是农民收入增幅的持续减缓，而其影响因素之一就是“乡镇财政制度不规范，农民实际税收负担重”[49]。郑以成（2002）认为，在城乡分割的税制下，流转税、分税制和剪刀差形成了财富由农村流向城市的机制[50]，并将其作为城乡收入差距扩大的基本原因。叶翠青（2003）认为，“城乡分割的税收政策，不仅反映了城乡市场经济的差别，而且隐形中加大了农民的负担，成为扩大城乡发展差距的一个因素”[51]。付道忠（2004）认为我国城乡差距在很大程度上与二元财政政策和制度有关，而歧视性农业财税政策则给我国城乡的协调发展带来了极为消极的影响，并使城乡二元社会结构固定化。[52]卢红友（2004）从城乡公共品提供成本角度考察了城乡居民负担的不同，认为“‘一品两制’不改，‘减负’政策不仅不会持久有效，而且还将进一步拉大城乡居民间收入、消费、储蓄、公共福利等方面的差距”[53]。(www.daowen.com)

赵震宇、白重恩（2007）关于二元税制对城乡居民收入差距影响的研究最有代表性。他们首次将政府部门纳入传统的二元经济模型，构造了一个包含农业部门、工业部门和政府部门的三部门封闭模型，并进行了数量上的实证分析。作者经过分析后认为，在市场出清的情况下，工业品生产过剩导致的经济危机会成为调整城乡居民收入差距的内生因素，而政府对工业品和农业品所采用的不同税率政策也会相当程度影响城乡居民收入差距的程度和发展速度。[54]该文在实证分析中只是考察了农产品税收和农业品税收的不同影响，这种考察实际上是很不全面的。但是，该文毕竟对城乡收入差距的影响因素从政府行为角度做出了理论上和实证上的说明，其意义不可小觑。