建立我国西南地区与东南亚国家的跨国区域合作开发协调体系，主要包括以下跨国区域合作开发的组织协调机制或措施：

第一，以与跨国合作区域具有隶属关系的国际或区域性经贸合作框架协议（主要是中国—东盟自由贸易区框架协议）为基础来协商制订合理的组织协调机制。这是保障中国—东盟自由贸易区建设和西南地区与东南亚国家跨国区域合作开发互促共进的关键措施。

第二，以“共赢”为基础与核心、以合作机会均等、责权利对称、公平公正的制度与利益共享机制来形成合理的利益协调机制。在利益问题上，必须认真注意协调。在利益共享框架下整体与局部利益的保障机制相当重要，要朝这一方向努力。跨国组织协调机构一定要注重我国西南地区与东南亚各国的利益共享，因为它们都有追求本国本地区利益的需要与潜在动机，如果有关决策或者实施方案不能够在尊重相关国家或地区利益的基础上确保利益的公平性共享，那么就会破坏合作开发的基础。

第三，组织协调机构要以指导性规划与我国西南地区、东南亚各国的实际情况相结合来进行相关的组织协调工作。因为指导性规划已经成为跨国区域合作开发的指导性文件与基本框架，而且指导性规划也是由各国各地区充分协商制订出来的，能够代表我国西南地区与东南亚各国的基本意愿。(www.daowen.com)

第四，要将组织协调机构作为我国西南地区与东南亚各国之间沟通联系的纽带和桥梁。通过组织协调机构的工作，使我国西南地区与东南亚各国能够形成更多的共识，达到合作开发行动协调一致或高度协调的效果。

第五，要以科学发展观与可持续发展的要求来建立资源开发与环境保护的协调机制等。在我国西南地区与东南亚国家的跨国区域合作开发过程中，资源开发是跨国区域发展的重要基础与重要内容，但跨国合作开发区域的环境保护更为重要。因此要以科学发展观与可持续发展的要求，进行跨国区域合作开发的协调。做到合理开发资源与环境保护的有机结合，保证我国西南地区与东南亚国家（如河流的上下游的国家或地区）对环境生态效益的合理共享。

我国西南地区与东南亚国家的跨国区域合作开发处于正在逐步推进的阶段，但资源开发与环境保护问题具有跨国性和跨学科性的特点。为了实现我国西南地区与东南亚国家跨国区域合作的可持续协调发展，应在可持续发展思想与科学发展观的指导下，在中国—东盟自由贸易区合作框架下，组织相关国家有关学者进行资源开发、经济发展与生态建设良性互动的科学研究工作。从多学科的不同视角揭示经济发展与生态环境的依存关系和研究对策；运用多学科理论与方法技术的整合，为经济发展与生态环境保护及建设提供理论与方法论的支持和保障^[2]。因此，在我国西南地区与东南亚国家跨国区域合作开发活动的具体实施过程中，要促进相关国家不同学科专家共同研究我国西南地区与东南亚国家的跨国区域合作开发问题，更好地吸取各国多学科专家学者的研究成果与有效建议，并逐步建立相关国家多学科专家学者参与我国西南地区与东南亚国家的区域合作开发研究与实践活动的组织机制。^[3]