目前实施的项目申请程序存在上报手续多、修改次数多的问题。为了更好地将创新性评价指标体系与评价方法应用到农业领域科技项目的立项评价中，对于项目管理者来说，组织实施项目申请、评价的流程为：

步骤一，对所申请项目基本条件的初审。第一是一般性的资格审查，包括对申请项目及申请单位是否符合项目申请的基本条件、申请人是否符合项目的一般要求进行审查。这一阶段只需要申请人或申请单位报送项目和项目所在单位的基本情况，对于明显不符合申请条件的项目，即可直接取消其申请资格。第二是项目的基本内容审查。对于已通过第一阶段的一般审查项目，各申请单位需报送项目的相关材料，即按照评价指标的框架所撰写的项目申请书及有关创新条件、创新成果、现有技术等支撑材料。以这样的两步对项目进行审查，一方面为项目申请者减负，为申请单位降低申请成本，并且提高了符合资格项目的“命中率”；另一方面也减少了各级、各类项目主管部门的评价工作量，同时提高评价效率。

步骤二，按项目的类型与领域选择专家。为了避免出现不熟悉专家或一般熟悉专家对项目进行评价所出现的意见偏颇，应基于专家发表文章所在期刊、合作关系网络、发表文章主题词等方式，尽量挑选对该领域比较熟悉或很熟悉的专家。

步骤三，利用创新性评价指标和评价方法进行立项评价。首先，以通信评审的方式请专家按照创新性评价指标进行打分，再根据本书提出的组合评价法对每位专家的打分结果进行集结、处理，得到具有一致性的结果。(www.daowen.com)

步骤四，对非共识项目，专家复审和讨论，并撰写评价意见。对于排位靠前且非共识度较高以及排位靠后且非共识度较高的项目进行复审，可以进一步通过项目答辩的方式对这类非共识项目进行讨论并最终确定结果。

根据以上四个步骤，确认申请项目中予以资助的项目和不予以资助的项目，并通过专家评议，按照评价指标的二级指标具体撰写项目的评价意见。

步骤五，项目评价意见的反馈。评价意见的反馈制度不仅能提高立项评价工作的透明度，提高项目申请者对于所申请项目的知情权，还能增强专家对项目评价工作的责任意识，从而提高立项评价的公正性与公开性。意见反馈包括了对立项项目和未立项项目的学术意见反馈。不管立项与否，在申请阶段的项目设计与论证都会或多或少地存在问题。在经过领域内顶尖专家的评价后，即便是优先立项项目也总会有需要改进的地方。通过意见反馈，一方面增强项目申请人的申请信心，另一方面也能进一步完善项目研究设计，确保立项研究的顺利进行。同样，对于未立项项目，意见反馈同样可以使项目申请人充分了解其研究存在的问题，进一步明确其今后的科研方向，继续调动申请人的研究积极性。