在对评价指标进行基于结构方程模型的因子分析后，还发现三类项目研究与创新的机理：

（1）三类项目在初始的农业领域创新的特点一级指标中差异并不显著，而后在分别进行结构方程模型分析时发现：删减并调整该一级指标后整体模型拟合得更好，说明农业创新符合科学哲学的一般规律，在进行农业领域科技项目的立项评价时，农业创新领域的特点可融入项目可行性与创新性的整体评价中。

（2）项目难点的处理办法和项目预期产出与风险残差存在显著正相关，说明预期产出的风险通常可以通过对项目难点的处理办法得以体现，难点的处理也应着重解决可能存在风险以及对预知风险的处理方法。

（3）项目预期产出与风险和项目多学科的融合、项目的集成创新/项目中引进消化吸收再创新的残差均显著正相关，首先说明这三个方面具有紧密关系，多学科融合更有利于创新，创新模式与项目预期风险相关。比如引进消化吸收应该注意技术在本地适用性的风险，集成创新应该对技术间的兼容度风险有所防范。(www.daowen.com)

（4）创新模式与创新需求相关，创新模式的选择也与创新需求的特点相关。比如，通常基于学科需求的项目因为其具有学科前沿、学术领先的特点，一旦项目研究成功就会取得前人所没有达到的原始创新。

（5）项目预期风险与思路设计相关，技术创新的风险主要源于农业科技创新的变量控制及外部环境的不确定性，也就是要将这些风险纳入到项目整体的思路设计中，在项目申请时有充分的考虑。