创新方法是对科学思维、科学方法和科学工具这三个层面的创新。以项目研究的方式，从基础前沿理论、重大共性关键技术研发、应用示范最后到产业化开发等进行全链条设计、一体化的组织实施，体现了三个层面的创新。全链条中的研发活动更具有明确的技术需求与产业化实施导向，加速了基础前沿的创新成果对市场下游的渗透和引领。

1.思维创新

思维创新是一种超越，是产生新观念的思考。一位科学家的一生有无建树关键在于他有无创新思维以及运用创新思维的能力。而在科学观念的超越或是概念框架的变更中，高层观念对于基层理论建构的作用体现了观念超越的基本原理。作为一种构建思维创新的高层观念模式，思维创新是主体的知识、技能、经验、思维等的结晶。若缺乏这种统驭全局的观念模式，思维创新的各种因素的协调和一体化也就不可能实现。

2.方法创新

科学创新本身就是一个多因素相互作用的非线性过程。在系统思想被引入创新过程后，意味着人们运用系统的方法研究和处理创新，方法创新也相应地被引入科技发展的各个层面。于是，方法集成开始成为一个重要的问题求解策略。(www.daowen.com)

3.工具创新

在技术的成长初期或萌芽阶段，多数创新是能取得重大技术突破。在进入技术成长期与技术成熟期后，技术创新模式会从突破创新转向渐进式创新，技术创新成果会从产品创新转向工艺创新，各类技术间的相互融合将会成为一种创新趋势。

用上述的有关创新理论深刻、全面地认识农业领域科技创新，为后续研究影响农业科技项目的创新要素以及评价农业科技创新特点提供了充分、全面的理论基础。