农产品流通的过程中出现的问题多种多样。从生产源头看，我国农业生产原子化的特点是从农村改革开始就遗留下来的问题，是和当时的生产力发展水平相匹配的。小农原子化生产在目前大流通、大生产的格局下就会出现问题，生产信息不能共享、单个农户谈判能力过低等等。因此，要努力使小的、分散农户的力量集中起来，建立能和大生产、大流通接轨的组织就成为当务之急。美国经济学家李普西（Lipsey R）的次优理论认为，在一个不完全竞争的市场中采取局部消除垄断的做法不但不能达到资源配置的最优状态，而且由于市场力量的不均衡反而会降低配置效率。除非全面消除垄断，否则更可取的办法是在不完全竞争市场中形成抗衡垄断的力量，建立一个可竞争市场。因此，为了与处于垄断地位的中间商抗衡，维护自己的利益，菜农必须联合起来，才能解决小生产与大市场的矛盾。

首先，引导建立合作化生产和销售组织，诸如专业协会、生产合作社、销售合作社等。把分散在广袤土地上的农民组织起来，通过合作组织提高农民的组织能力。提高农民在流通过程中第一个环节的话语权，增强定价权，使得农民能够在变化万千的市场中增加抵抗风险的能力，平稳的分享到的生产利益。

其次，建立完善的合作组织运行机制。 目前，农民合作组织运行机制出现问题。其表现有：（1）许多农民合作组织其运行受到政府行政干扰，不能体现农民自身的利益要求。政府受政绩观的驱动组织农民建立合作组织，要求体现政府意志，其活动难免受到政府的干扰。由政府制定某人主持该组织，成为政府的代言，失去了合作组织的本意。（2）合作组织被大户操纵。某一生产大户或者营销能人依靠个人威望维持组织运行，取得收益后要独得利益，在利益分配上不能保证中小农户权益。（3）合作组织成员资格不开放。因为合作组织可能会接到政府的拨款，或者政府补贴，开放资格会导致利益被分薄，因此，其核心成员不希望过多的人加入。(www.daowen.com)

因为以上问题的困扰，农民合作组织运行出现不良运转，必须予以纠正。政府主导建立的合作组织要真正体现农民的意志，政府要把权力交给农民，由农民自主决策、 自主经营，摆脱政府衙门的影子；在大户把持的组织中建立民主机制，合理分配利益惠及广大农民；政府的补贴或拨款应以帮助农民的数量决定额度，以能够帮助最多数的农民。总之，要建立民主决策机制、公平分配机制、合作机制，使合作组织和农民的利益一致，共担市场风险、共享经济成果。