跨境园区的运作，包括土地收储、基建、工建、产业招商、规划等一系列的工作，参与主体包含政府方、东道国、投资人、金融机构等。园区投资与运营模式的创新，是在各个参与主体之间找到一个合适的模式，使政府方达到运营绩效最大化、税收增长、土地增值，最终投资人也能取得收益，金融机构也能够安全地回收资金。有些学者从跨境园区的运行模式方面进行了研究。

洪联英、张云^[30]通过对合作园区的总体评估和案例分析，认为当前园区存在产业定位不明确、投资盲目、区位选择扎堆等现象，合作区建设的政府主导模式需要进行战略性调整。郝旭等^[31]针对我国海外产业园区缺乏系统性一体化的顶层设计问题，从海外产业园区生命周期理论出发，将海外园区前期项目开发、招商和产业入驻、运营管理、退出及移交手续等环节进行了系统整合，主张采取以企业为主导进行开发、政府企业银联合作参与、引领产业链招商、融资渠道多元化为支撑的海外产业园区开发运营模式。(www.daowen.com)

叶尔肯·吾扎提、张薇、刘志高^[32]总结了国内外境外园区建设的主要模式，提出了中国海外园区建设可以借鉴的三种模式，即政府高层推动建设型、园区开发公司为主导建设型、民营企业建设型。张崴^[33]梳理了我国海外产业园区投资发展的概括及运营模式，认为目前我国海外产业园投资运营模式主要有产业主体企业主导模式、专业工业地产商开发模式和综合开发模式。邢广程^[34]指出中巴经济走廊、中马“两国双园”等跨境园区建设、运营模式值得国内园区借鉴。