如前所述，集装箱多式联运全程运费是由多式联运经营人向货主一次计收的。目前，多式联运运费计收方式主要有单一运费制和分段运费制两种。

（一）按单一运费制计算运费

单一运费制是指集装箱从托运到交付，所有运输区段均按照一个相同的运输费率计算运费。在西伯利亚大陆桥（Siberian Landbridge，SLB）运输中采用的就是这种计费方式。

单一的联运＝运输成本＋经营管理费用＋合理利润

1．运输成本

因交货条件和运输路线的不同而不同，主要包括以下几个方面。

（1）国内段费用，如空箱运费、重箱运费、装卸车费，内陆铁路或内河运输费、装挂箱费、堆场费、保管费、港务费及报关手续费等。

（2）海上段、铁路段、空运段的运费，以及在国外港站的中转费等。(www.daowen.com)

（3）国外段费用。与国内段大体相同，但要加上国外代理人的交接手续费及过境费用等。

2．经营管理费用

包括通信、水电、房租、员工薪酬、奖金、生产设备折旧等营业性开支。

3．合理利润

利润的多少受多种因素的制约。应坚持的原则为合理收费、薄利多运、灵活运用优惠政策，其惯常的做法有：根据数量的多寡给予优惠；根据不同地区给予优惠；根据不同的商品给予优惠；根据双方的合作关系给予优惠。

（二）按分段运费制计算运费

分段运费制是按照组成多式联运的各运输区段，分别计算海运、陆运（铁路、汽车）、空运及港站等各项费用，然后合计为多式联运的全程运费，由多式联运经营人向货主一次计收。各运输区段的费用，再由多式联运经营人与各区段的实际承运人分别结算。目前大部分多式联运的全程运费均采用这种计费方式，如欧洲到澳大利亚的集装箱多式联运，日本到欧洲内陆或北美内陆的集装箱多式联运等。