由于我国开展PPP 运作时间较短，法律制度不甚完善以及信誉等问题，PPP 项目在运行过程中有很多潜在风险。处于基层的特色小镇建设先期投资不足、地区发展基础差、法制不完善，PPP 的问题和风险会更大。另外，PPP项目在基础设施建设中，国内外都有比较成熟的经验，而在其后的产业和生态建设甚至社会工程建设方面还有待探索。

目前PPP 模式存在的普遍问题是合作门槛过高，这对以中小企业为主体的特色小镇建设更加不利，企业可能会为了获取更多利润而过度建设，透支性使用，在移交使用权之前维护不足。此外因为目前的PPP 项目仅在政府和承担企业双方之间产生合约，缺乏第三方监督，双方都可能产生寻租行为。还有专业人才缺乏，相关法律滞后，信誉体系缺失，以及政府角色转换还未完成等问题。

总结以往经验，PPP 项目在特色小镇建设中可能会存在以下风险：

一是审批延误风险。由于我国垂直行政级别多、行政审批手续繁杂，项目审批程序难免烦琐，审批过程要花费时间成本甚至行政成本，审批之后项目性质和规模也难以进行商业调整。

二是政治决策风险。我国地方政府在建设决策中，往往跟随中央政策而行，对本地实际情况考虑较少，容易进行运动式开发和建设；决策过程大多没有固定的专业委员会把关，加之前期准备可能不足、信息不对称等问题，有一定决策风险。(www.daowen.com)

三是融资风险。在特色小镇建设过程中，中小企业是参与主体，中小企业与政府和其他机构之间开展PPP 项目，中标者在协议签订之后的一定期限内必须完成融资，特许权协议才能生效，这给中小企业增加了一定的困难。

四是市场收益不足的风险。由于特色小镇的生产和服务基本是创新型产业、特色产品和体验服务、市场容量和前景存在很多不确定性，加之PPP 项目收费不能随行就市进行调整，市场风险比普通产业和商品高。

五是能够进入的领域基本都属于利润低、资本回收期长的领域。