由于中欧班列途经多国，其成功、有效地运行需要中外多国的配合与支持。因此，中欧班列创新协调机制，通过与外国铁路运营商合资经营物流公司、创新国际多式联运提单的金融属性等方法，为中欧班列的顺畅运行提供了对接机制保证，也提高了中欧班列对于贸易双方的吸引力。如“渝新欧”这条全长约11 179千米的国际铁路运输线路的成功运行，得益于沿线各国铁路以及海关部门的协调配合。为促进“渝新欧”班列运行过程中各国铁路方面的有效信息沟通且能够有效处理突发事件，中国、哈萨克斯坦、德国、俄罗斯四国的铁路运营商及相关部门以合资的模式组建了“渝新欧”（重庆）物流公司，以此确保中国重庆与欧洲之间货物运输的“站到站”效率。“蓉欧”班列同样由中国与外国物流运营商共同出资组建的成都亚欧班列物流有限公司负责，从而提高“蓉欧”班列运行的市场化程度，提高班列运输效率和服务质量。中国四川自贸试验区的成立促使“蓉欧”班列在制度上有了更大程度的创新，通过创新将从前中欧班列签发的格式不统一、不具有物权凭证属性、无法用作信用证结汇凭证的铁路运输单证改革为多式联运的“一单制”，前期通过试点来签发具有物权凭证属性的基于国际铁路联运的多式联运提单，并且拓宽与金融机构的合作，增强提单的金融功能，解决企业资金压力大周转过慢等问题，制度创新将大幅降低运输成本，提升运输质量。

但是目前，中欧班列仍存在沿线各地基础设施质量差别较大、海关监管通关效率低、贸易支付结算不便利、各国轨道宽度不同、返程空箱率较大、班列运行市场化程度不高等亟待解决的问题。早前拟定的《中欧班列组织管理暂行办法》，随着中欧班列发展所提出的新要求，得到了补充和完善。2017年4月22日发布并签署的《关于深化中欧班列合作协议》，涵盖改善沿线基础设施质量、增强中欧班列市场宣传、统一机制标准、深化沿线各国铁路/口岸/海关的合作等内容。这有利于中欧班列合理布局，有利于打造一个畅通便捷、经济高效的物流服务网络。为进一步协调解决中欧班列发展中遇到的问题，2017年5月，在中国铁路总公司的倡议下，中国铁总与重庆、成都、郑州等七家中欧班列平台，共同成立了中欧班列运输协调委员会，负责相关事宜。(www.daowen.com)

中欧班列之所以能够成功打通多个国家间的铁路资源大通道，为中欧贸易发展发挥了极大的促进作用，一定程度上源于其运行过程中对机制的创新。通过构建对外沟通的桥梁，通过政策沟通、商务合作、提高运营市场化程度等方式，制定出对双方都公平合理且一致认可的运行规则，提高了班列运行的稳定性和效率，从而推动了中欧贸易的发展。中国与东盟各国在机制对接方面也应加强对话与沟通，创新合作模式，调动双方合作的积极性。