（1）新农合制度实施过程中补偿机制的完善，这也是管理技术完善的重要方面。这主要包括两个方面：一是各种补偿方案的科学制定。补偿机制的确定涉及很多方面：在补偿标准的确定方面，要根据不同的就医环境和不同的情况来设计不同的补偿标准，这样才可以最大限度地维护农民在医疗上的利益；风险共同承担机制的建立，政府与商业共同承担更多风险机制的建立，这就可以使农民承担更小的风险；科学合理分配基金，使资金能够更加合理地应用，如住院和门诊补助基金、门诊统筹基金等各个方面，这样可以使农民获得更多的好处，维护社会稳定。二是对定点医疗机构和单位的补偿机制的完善，政府首先要确保一定的资金能够对定点医疗机构进行补偿，这样就需要根据相关原则设定相应的标准；对定点医疗机构在新农合实施中的管理进行改革，这涉及医疗价格、收费标准、医疗人员的劳务价格等各个方面；新农合定点医疗机构付费机制的改革，即改变目前大部分存在的根据服务项目付费的后付制，使医疗机构付费机制更加合理。在此情况下，变革为按病种付费的方式更加有利于农民利益的保障，也更加科学。

（2）新农合制度实施过程中筹资机制的多样化，是由于我国地区发展不平衡所造成的。总体来看，我国东部发达地区的地方政府和农民在支付新农合资金部分能力较强，而中西部不发达地区则较为困难，新农合筹资甚至很难达到规定水平。在许多地方对收入较低的农民而言，即使很多农民急需参保，但是很多没有能力参保。改革新农合筹资机制就必须将地区经济发展和农民经济承受能力相结合，可以采取根据农民人均收入来确定新农合的筹资比例，由中央财政对筹资困难地区予以帮助，这样才能保证新农合的公正和全面实现。^[37]同时，也要对新农合制度实施的资金浪费问题进行改变，按病种付费和医疗质量的标准化管理是进行改变的关键。^[38]在门诊中可以尝试人头付费的支付模式，^[39]这样可以有效控制医疗成本，也可以更加有效地解决新农合实施过程中的资金管理问题。

（3）监督机制的多样化，强化监督。监督机制应该是建立政府、人大以及农民或者农民组建的自治组织来进行综合监督，这也是农民利益能够得到切实保障的根本途径。在此监督中最主要的两个因素是资金运转的监督、监督主体的合理。^[40]要更加重视农民在新农合制度实施过程中的监督作用问题，为了使这种监督发挥更大的作用，还要让各级合作医疗委员会参与进来。监督是为了更好地促进新农合制度的实行，这就需要在监督管理机制健全的同时，建立和完善相关的惩罚机制。利用农民参与和其他监督相结合的方式，来对定点医疗机构进行评价等，可以更加有效地保障农民权益。^[41]同时还要建立基金审查制度。(www.daowen.com)

所有管理困境的解决，都是为了提高服务水平，在此基础上强化新农合实施过程中的运行管理。一是加强农民基层定点医疗机构的建设，要在硬件软件设施、人才队伍、运行机制、服务观念、服务成本、服务效率等方面都做出改变，这样才能使农民获得更多的就近医疗服务。二是定点医疗的全国通用，这样可以保证竞争机制的开展，又可以使农民获得更多的利益。三是提高新农合实施过程中的管理效率。这就能够让农民获得的服务不仅流程简化，而且能够明白知道药品、服务、报销比例、报销流程等各种事项，采取透明化的方法^[42]。这样也可以增强农民对新农合制度实施的公平性的信心。