针对上述新农合实施过程中的管理，笔者认为存在的管理困境主要如下：

1.管理技术不能与时俱进，这存在于个别地方

目前，有些地方还不能使用电子信息技术对新农合实施过程进行管理，这就严重影响了管理的效率，而且容易出现管理上的错误。即使有些地方已经使用了电子信息技术，但是由于没有在各机构之间实现联网，就使管理很难得以科学有效进行。^[34]这种管理技术还包括地方政府管理能力与医疗基金运行的矛盾，基金运行管理的风险主要来自于资金筹措机制、补偿方案、基金财务管理、费用监管力度等各个方面，不能够适应新农合制度实施的快速发展。

2.管理秩序存在着一定程度的混乱

这主要表现为报销手续、医疗经办机构在经费上的使用、经办机构的运行等。^[35]这些问题严重影响了新农合制度的科学、有效实施。(www.daowen.com)

3.资金管理还存在一定程度的不科学性

一是资金管理主体还需要进一步明确。现今资金管理主要是三种模式：由劳动与社会保障部门主管的方式；由卫生行政部门主管的方式；政府主导下的医疗保险部门与卫生部门合作的方式等。这些管理模式都存在，从而导致管理主体的混乱，需要进一步加以明确。二是资金管理成本存在虚高的问题，这主要是由现阶段新农合制度实施过程中管理过多层级所造成的。三是资金管理模式单一，难以满足农民的不同需求。四是资金管理信息技术的与时俱进问题。^[36]

新农合实施过程中的管理困境已经成为新农合制度可持续发展必须要加以解决的问题，这就需要在新农合实施过程中建立科学的管理制度，加强监督委员会的监管、发挥多种监督主体的作用、建立有效的监管机制等，在此基础上科学、合理地解决新农合制度在实施过程中存在的管理困境。