前卫生部部长陈竺指出，2011年城乡居民参加职工医保、城镇居民医保、新农合人数超13亿，覆盖率达到95% 以上。现已经形成基本符合国情及各地农村实际的管理运行机制：组织管理上，由政府领导与主管、多机构与部门配合、医疗机构和农民、官方参与的机制；基金管理上，建立了相应的财务制度、会计制度、监管机制；参与医疗机构的管理上，已经在医疗机构、药品以及费用报销等一系列问题上建立了监管制度，^[31]且实施也较为合理有效。

新农合制度实施过程中的管理主要涉及以下问题：① 新农合实施过程中的组织机构管理。主管部门是各级卫生行政部门，在此基础上设各地经办机构，这些经办机构一般都是独立法人机构。② 新农合实施过程中的基金管理。一般情况下，各级区县都对此资金实行两条线管理，实施要求为钱账分开、管用分离、封闭运行，在医疗补偿报销上以公平、公开、公正为根本，在实施过程中注重收费过程、基金保管、报销支付、核算监督，运用信息化管理方式，从而实现基金管理过程中的科学化。③ 新农合实施过程中的监督管理。在新农合实施过程中，要加强监督和监管，一般是各级审计部门与各级财政部门、卫生部门共同对医疗机构进行经费控制管理，大多是采取总量控制、总额预付、人头付费、次均费用限额、费用增长限速等控制方式进行操作。④ 新农合制度实施过程中的信息管理。这也是管理与时俱进的要求。新农合制度在实施过程中全程采用电子信息管理技术，这样不仅有利于监督，更加有利于对新农合制度实施进行管理，对其发展做出预警和规划。^[32]

在新农合实施过程中的组织机构管理上，已经设置了较为健全、各级相关部门参与的联合管理机构，国家层面有卫生部、财政部等部委所组成的部际联席会议，省地级有由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门共同协调成立的农村合作医疗协调小组，在区县级则有相关部门组成的新农合管理委员会，甚至有些乡镇机关都成立了委托机关，这样就形成了共同管理的局面。在新农合实施过程中，基金管理已经趋向完善，经费由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理，在相关机构认定的银行再设立农村合作医疗基金专用账户，并逐渐完善基金管理的法律法规和相关制度。在新农合制度实施过程中的监督管理上，现已设置专门的监督委员会，并且经办机构要定期向委员会汇报新农合实施情况，并且通过公示等方式让农民行使监督权，各级审计部门也对新农合实施实行定期审计^[33]，这些都保障了新农合制度的有效实施。(www.daowen.com)

现阶段，管理体制当中仍存在诸多问题需要解决。如在新农合制度实施过程中的人才资源配置、机构设置、管理程序上等都存在着一些问题，这些问题需要通过科学研究及探索才能加以解决。