村民自治制度在理论界被学者称之为中国特色的“草根民主”，^[38]在农村发挥了巨大的作用，逐渐培育了广大农民的民主参与意识。但是在村民自治制度的发展过程中，始终伴随着一些争论、怀疑甚至非议和责难。20世纪80年代以来，村民自治显示了强大的生命力，其包含的现代民主理念以及严格的民主程序，使村民自治成为公共话题。当前，农村不仅拥有民主存在和发展的资源和条件，而且农民自身也拥有发展民主的强烈诉求。这种基层民主网络可以繁荣整个社会，为政治上层建筑提供社会支柱和基础结构，^[39]也为农村建设做出了巨大贡献。但在现实中，目前村民自治仍存在以下问题：

其一，农村社会存在的诸多社会矛盾仍然存在并有所激化。农村社会矛盾主要可以分为两类：一类是历史遗留问题，包括宗教、家族等问题，这些问题通过民主自治选举呈现出来，并且逐渐激化。另一类则是在选举过程中由于利益、意图不合而产生的新矛盾，包括黑势力、权力寻租等。这些矛盾尽管是人民内部矛盾，然而却在一定程度上影响了农村政治稳定和经济发展，不仅干扰了农村基层民主政治建设的进程，而且阻碍了农村的科学发展，严重阻碍了农村的和谐社会建设和发展。

其二，村民自治中的农民参政存在一定程度的盲目性。农村村民参政多是经济能人政治或者贤人政治。很多地区的农民对候选人的情况一般只能通过竞选宣传和大众舆论来了解，这就必然造成选举的盲目性，甚至会导致选举之前各种拉选票的现象。由于参政素质及其他因素的影响，大多数农民很难正确地行使国家赋予他们的庄严而神圣的选举权。许多人由于利益的需要，因而掺杂着宗教和家族等倾向。另外，一些村民在宗族势力和利益的影响下盲目随从，这样就使村民自治的质量和公正性大打折扣。这种参与的表现就是被动地参与。因为缺乏民主参与意识，所以需要采取各种手段培养公民意识。

其三，自治权异化现象较为严重。一般表现为两种情况：一是自治权的行政异化，导致村民不能通过村委会行使自治权；二是自治权大都集中在部分人手里，村民自治实际上异化成了村委会主任自治。而且普遍存在的一些地方的村党组织没有改变传统的领导方式，从而不能正确处理两委关系，这就使村委会变成了村党支部的辅助组织。还有地方经由村民选举产生的村委会，片面强调它由全体村民选举产生所具有的合法地位，强调支部书记是由党员选举产生的，其不能不代表全体村民的意愿和利益，导致在工作中排斥村党支部的领导，使两委关系矛盾重重，^[40]不利于村民自治的发展。

党的十七大报告强调健全基层群众自治机制，扩大基层群众自治范围，完善民主管理制度。但目前村民自治的现状与要求相比还存在较大差距。

第一，自治制度配套规范和制度欠缺。1998 年的《村民委员会组织法》对村民自治的原则、内容、形式及保障都做了明确规定，但大多是原则性的，可操作性不强。特别是由于缺乏具体的与之相配套的制度及规范，使村民自治作为一个基本的制度安排，在制度的设置和可操作性上过于粗略和原则化。另外，村民自治制度要得到村民自愿的服从，其规范的合理性是根本前提。从有些村制定的村规民约或村民自治章程来看，存在着不是空泛口号化就是与国家法律相冲突，大幅降低了权威性和可操作性。此外，缺乏有效的制度保障机制，通常结果是制度虚设而不能正常运行，需要完善的制度以弥补不足。

第二，在村民自治过程中，存在的行政化倾向严重削弱了村民自治的发展。本质上来说，村民自治是村民自己的事情，实质是村民直接管理自己，由自己选举出的组织处理各项事务的一种社会管理方式。但是一些地方的村民自治在实践中存在严重的异化：在工作方法上，通常把村委会当成乡镇的一部分，以指挥、命令等行政手段安排工作，甚至一些应该由乡镇完成的任务也被分配到村委会，这就使村委会唯上级行动，呈现出强烈的行政化色彩，这就致使他们根本难以顾及自治方面的建设工作。在工作中首要的是先向政府负责而不是向村民负责，这就把村民自治组织转变为一政权性组织，沦为乡的附属行政机构，从本来政府对村委会的指导关系转变成领导关系，这些严重弱化了村民自治的性质，并且与国家推行村民自治的本意相悖。^[41]这就需要从根本上思考造成这些问题的原因，找到其问题所在，采取一定的方法加以改进，其中最为主要的还是农民的政治参与意识中存在的问题。(www.daowen.com)

第三，最为严重的是村民民主自治观念意识存在的阻碍。由于我国有几千年封建社会的历史，缺乏社会主义的民主与社会主义的法制，小农意识、宗法等级观念等在农村仍有很深的影响，造成我国农民公民意识的缺失。具体表现在：

首先，权责观的缺失。当前大部分农民还停留在传统官管民的思维中，呈现出漠视权利和义务的心态：一是农民不清楚自己应享有的政治权利内容，行使这些权利的方法，甚至当政治权利被侵害时没办法或者无动于衷；二是农民不清楚他人享有什么权利，以及自己应当如何尊重他人的权利，从而使得法律给予的公民权利得不到保障和执行。

其次，政治参与被当作各种工具使用。一是将政治参与看作实现某一利益要求和愿望的工具；二是当前农民政治参与行为受非制度因素影响非常明显；三是当前农民政治参与的态度和行为多是消极被动的。当农民面对强权政治或霸权政治时，一些农民选择情绪发泄或者暴力方式抗拒选举，不善于运用手中的投票权去改变村庄权力结构，而且大部分农民对选举过程缺乏根本的信任感。

再次，农民善分不善合的特性。农民通常看不到长远利益，更看不到在长远利益基础上形成的共同利益。导致不能在平等协商的基础上形成超越家庭的联合体，以致即使合作，通常为避免和减少矛盾的发生，合作的对象具有明显的家族倾向，而且合作的领域较窄，合作方式比较单一。

最后，法律意识的多数缺失。由于历史等方面的原因，大多数农民的法律意识至今仍然淡薄。在法律认知上，农民轻视甚至畏惧法律，一般认为法律的功能仅仅表现在对违法者的制裁上。在遇到纠纷时，相当多的农民用“私了”的方式来解决。传统人治观念的影响，农民通常认为权大于法，再加上在执法司法过程中出现的各种违法乱纪现象，更造成了农民对法律的不信任。