由于项目管理与一般的管理活动相比具有特殊性，因而项目组合管理存在一些难点。其主要表现：一是项目组合可能与经济最优化应用以及其他利益相关者无关，这就可能使得项目团队和其他利益相关者之间产生理解差异，以及优先顺序的差异(其他利益相关者可能忙于解决当前的运行问题)，造成无谓的矛盾；二是多项目目标的多样性和层次性，会产生项目利益相关者不同期望和需求的诱惑，如，政府有关部门、社区公众、项目用户、新闻媒体、市场中潜在的竞争对手和合作伙伴等不同的项目利益相关者对项目有不同的期望和需求，有的期望和需求相差甚远，甚至相互抵触；三是某些项目的技术特性使得非专业人员难以预测项目的进程或计划实施的效果，项目管理人员虽然受过一定专业技术培训，但可能项目组合管理和项目管理知识有限；四是信息和知识是连贯形成的，因而在所有项目团队成员间合理地分享信息可能耗费时间而且代价昂贵，这样，一系列相关项目在不同地点进行，促进信息及时地共享以减少重复工作或无效的努力就显得尤为重要。为解决项目组合管理存在的难点，可以采取合理编制项目实施的统筹规划，组建有资历的专家组和相应人员的组合，选派项目的骨干管理人员，项目经理应使用项目管理工具(例如Project)等对策。(www.daowen.com)