1644年6月，清军攻占北京，汤若望主动上疏摄政王多尔衮，表示要进呈新的历法和仪器，愿为清朝效力。7月底，汤若望献上依《崇祯历书》改编的新历书和欧式天文仪器。同年12月，汤若望被顺治帝下旨授为钦天监“掌印”，监中的进历、占候等一切事务均听其令举行^[27]。1645年1月，汤若望成为钦天监的主持人。他也是当时能够阐释《崇祯历书》的唯一权威。清朝对传教士较为宽容，似乎得到皇帝的批准可以在全国公开传教已指日可待。其实，事情远没这么简单。作为钦天监“掌印”，汤若望只得做自己不擅长的每日举行的各种祭祀及人类活动吉凶的预测，这类有悖于天主教教义的占星工作招致其他传教士们的批评。随着个人地位的稳固，汤若望尝试将欧洲占星学引入中国民历，但这种改革与中国传统术数之学中阴阳生克的理论基础产生矛盾，因此，不能得到民间的广泛认同^[28]。这为第二次全面禁止天主教埋下了伏笔。

耶稣会士在清朝钦天监取得了绝对的优势，但在学者和士大夫中的影响较明朝末年反而减弱。自明末以后，学者和士大夫阶层更清楚地认识了传教士来华的目的和策略，反感利玛窦曲解儒家经典和古代文献中的模糊内容，以使其与天主教相容的做法。杨光先（1597—1669）就是一个典型的例子。清朝建立后，他不断向传教士发难^[29]，矛头直指传教士的保护伞，即在钦天监拥有较高地位的汤若望。1661年，重用汤若望的顺治帝驾崩。三年后，杨光先以潜谋造反、邪说惑众、历法荒谬为由，上折参劾汤若望。为了击垮传教士，他写出《西法十谬》，指责汤若望在制订历法方面的问题。值此关键时刻，天象预测帮了杨光先的忙。按旨意，汤若望与杨光先的支持者何雒书需分别依西法和旧法推算出1665年1月16日的日食时刻及其过程。届时会验，汤若望依西法推算的结果与天象全不合，而何雒书依旧法推算的结果有八分合（阮元，1843）卷36：3b—4b。当年4月，朝廷判汤若望有罪，拟处决汤若望、南怀仁（Ferdinand Verbiest，1623—1688）^[30]及部分钦天监学者，史称“康熙历狱”。适逢北京地震且出现异常天象，汤若望及南怀仁等被赦出狱，第二年，汤若望病故于寓所。除在钦天监工作的数名耶稣会士外，朝廷尽数驱逐其余传教士。

此后，杨光先被指派主持钦天监工作。然而，他并不擅长天文历算，也找不到传教士工作的真正漏洞^[31]，只能依赖吴明烜等旧法学者。1668年12月，南怀仁奏报吴明烜所推算的七政历、民历有严重错误。年轻的康熙帝令大臣会同杨光先、南怀仁等共同以实测来验证历法。1668年12月底和1669年2月的观测使传教士的命运有了转机。由于杨光先、吴明烜等所做的推算与实测不符，而南怀仁据圭表观测和西法所做的推算皆与观象台的实测一致，这使南怀仁重新赢得康熙帝的信任。1669年4月，康熙帝下旨任命南怀仁负责“治理历法”，耶稣会士重获钦天监的领导权^[32]。南怀仁告诉他的欧洲教士们：“我们的天文学是在全中国繁育宗教的最重要的根基”；“以天文学为借口，而实际上是更清楚地证明我们的宗教的真实性”（Golvers N，1993）55，93。

从科学知识传播的角度来看，杨光先发动的历狱风波似乎是一场灾难。然而，任何历史事件只有放在它所处的特定环境中才能显示出其意义。耶稣会士虽然向中国传播欧洲的科学和技术，但他们的主要使命却是使中国基督教化。入清以后，传教士们在介绍其教义方面显得更为直接与大胆。他们甚至称中国人为亚当的后裔，中国的经典和文化都起源于天主教教义。这种将儒学附属于天主教的解说引起中国学者的强烈反感。传教士公开传教，广泛接受教徒的行为也引起了各地官员的疑虑和不满。从这个角度来看，我们就可以理解杨光先的“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”等语的意义了。这次风波之后，学者和士大夫们对天主教的戒心并未解除^[33]。

在这个过程中，康熙帝看到了满朝大臣们对天文历法的无知，决定自己学习天文学、数学^[34]等。他自称是为了裁决有关天文学和数学的问题而学习欧洲的科学知识。不过，他的学习动机似乎没这么简单。一个未道出的理由很可能是：他想成为学术方面的最高仲裁人，以增强个人的权威及赢得汉人士大夫们对清朝正统性的认同。他对儒学的理解不易达到深谙儒家经典的学术大家的水平^[35]，做儒学权威是比较难的，但杨光先发动的历狱风波让他意识到自己可能在天文学和数学方面超越汉人学者和士大夫们。康熙帝的这种心态影响了欧洲科学在中国的进一步传播。

17世纪中叶至18世纪初，来华的传教士主要在宫廷中传授知识，很少与中国学者联系。这样的局面令传教士和康熙帝双方都感到满意。对于传教士来说，如果中国学者也掌握了欧洲的天文学和数学知识，那么他们便失去借以立足宫廷的长技。对于康熙帝来说，他成为唯一掌握欧洲天文学和数学知识的中国人，这可以保证他对相关事务具有绝对仲裁的地位。据白晋称，“皇上对自己成了一个优秀的几何学者感到由衷的高兴”（白晋，1981）38，并开始扮演科学知识的仲裁人和传授者的角色（白晋，1981）50。1689年3月18日，康熙帝于江宁观星台与诸部院大臣论天文。他在登上观星台之前，特地差侍卫向传教士洪若、毕嘉（Jean Dominique Gabiani，1623—1696）询问能否在南京见到老人星，此二人详细解释了相关的天文学问题。可见，康熙帝是在做了充分的准备之后才在大臣们面前显示其天文学知识的（韩琦，1996）。1692年2月20日，康熙帝于乾清门召大学士九卿等谈音乐、数学原理、圭表测影及水的冲力等问题（马齐等，1985），得到诸大臣的由衷钦佩。于是，康熙帝得意地对汉臣说：“你们汉人全然不晓算法。”(www.daowen.com)

康熙帝对天主教表现出一定程度的宽容，于1692年3月下诏允许天主教公开传教^[36]。但是，这并不意味着他接受天主教教义。他自幼学习儒家经典，深知儒家的纲常伦理是有效统治国家的知识基础，遂努力将自己塑造成儒家传统中的圣贤帝王。此外，作为中国的皇帝，尤其是一个非汉人出身的皇帝，背离根深蒂固的儒家传统便意味着和士大夫阶层及儒家学者们的决裂，而这将对他的政权产生颠覆性的影响。白晋清楚地意识到，康熙帝一旦“对天主教和儒教的一致性稍有疑惑，就决不会许可天主教的存在”（白晋，1981）57。

白晋的预言终于应验了。1721年，康熙帝宣布严厉禁教，传教士的在华活动就此中断。其间的导火索是著名的“礼仪之争”。所谓“礼仪之争”主要有三方面内容，一是士人祀孔，二是家人祭祖，三是有关上帝的语义和语源学的争议（李天纲，1998）。最初，利玛窦对中国人的祀孔祭祖礼仪给出世俗化的解释，认为天主教可以接受这些礼仪。但17世纪30年代以后，方济各会、多明我会的在华传教士先后因祀孔祭祖礼仪问题与耶稣会士产生争执，并各自将争论的情况和论据报告给罗马教廷。1704年11月，教皇克雷芒十一世决定禁行中国礼仪，并派特使铎罗（Carlo Thomas Maillard de Tournon，1668—1710）到中国宣布他的敕令，这引起康熙帝的不满。

为了赢得“礼仪之争”的论战，并争取罗马教廷接受中国祀孔祭祖等礼仪，在京耶稣会士于1700年11月起草一份满文奏折，请求康熙帝证明祀孔祭祖不是天主教传统中的迷信活动。康熙帝支持耶稣会士对中国礼仪的解释，并强调这些礼仪都是“无可改”的。然而，罗马教廷并不承认不信教的世俗帝王的权威。康熙帝敏感地意识到天主教与儒家传统之间产生了不可调和的矛盾，并且清楚地看出，如果解决不好这个矛盾，其政权的稳固性将受到严重威胁。在此关键时刻，他毫不犹豫地选择了儒家传统！1706年底，他急于通过李光地和熊赐履向“外面地方官与知道理者”传达其维护儒家传统的态度，表明他重视西洋人不过是利用其技艺而已。

1707年1月，铎罗在南京颁布教皇克雷芒十一世的禁令。10月，康熙帝派龙安国等4人赴罗马，陈述其对禁行中国礼仪的意见。然而，1710年9月，克雷芒十一世重申1704年的禁令。同年，康熙帝谕大学士等曰：“《朱子全书》，凡天文、地理、乐律、历数，俱非泛然空论，皆能确见其所以然之故。朕常细加寻绎，欲求毫厘之差，亦未可得。”（章梫，1994）康熙帝的态度经历了由肯定欧洲科学、贬抑汉人数学水平，到全面赞扬朱子的科学水平的转变。我们不难看出“礼仪之争”在这一转变过程中所起的作用。

1715年3月，克雷芒十一世颁布措辞更为严厉的通牒，要求传教士宣誓守禁。1721年1月，康熙帝见到该禁约的译文，做出批示：“批览此条约，只可说得西洋人等小人，如何言得中国之大理？……以后不必西洋人在中国行教，禁止可也。免得多事。”（陈垣，1973）自此，清朝基本上关闭了与欧洲人往来的大门，西学东渐跌入低谷。除在钦天监和宫中从事历算、钟表制作等工作的传教士之外，其他传教士被尽数驱逐。当然，欧洲并未完全中断与中国的交往，一些欧洲商人在广东等沿海地区继续从事贸易活动。