16世纪中叶开始，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国等相继入侵文莱，1578年西班牙人远征婆罗洲给文莱造成很大打击。到15世纪明朝以后，我国史籍《东西洋考》和《明史》等称文莱为“渤泥”或“浡泥”“文莱”“婆罗乃”，当地华人多将其写作“汶莱”。此后，我国就一直称该国为文莱。明朝永乐年间，中国著名航海家郑和下西洋(今南洋)时，也曾有部分福建人随行，后来留在文莱定居。据《明史·婆罗传》记载：“万历时，为王者闽人也，或言郑和使婆罗，有闽人从之，因留居其地，其后人竟据其国而王之。”文莱的《王室世系书》也谈到中国总兵王三品在基纳巴鲁山降龙夺珠，归顺婆罗乃（今文莱）并继任苏丹一事。15—16世纪明朝时期，文莱苏丹为种植胡椒和贸易通商，竭力吸引中国人移居垦殖。因此，当时在文莱地区的中国商人和华侨人数很多，据16世纪西方记载，文莱皇都10万居民中就有3万是华侨。

永乐六年（1408年），年仅28岁的渤泥国加那王亲自偕王室成员和侍臣等150人浩浩荡荡前来中国访问，明成祖朱棣命“所过诸郡设宴”款待，他们一行人等到达明朝京都南京后，受到明成祖的热烈欢迎和厚礼相赠。渤泥国加那王染疾后，明成祖命御医“善药调理”，天天派人探病。是年10月，加那王卒于明朝京都南京会同馆，根据他“体魄托葬中华”的遗嘱，明朝以王礼将加那王厚葬于现在的南京雨花台区铁心桥乡东向花村乌龟山。自1958年5月发现古墓后，当地政府已先后6次对它进行维修，并将其列为“江苏省重点文物保护单位”。2001年，渤泥王墓被列为“国家级重点文物保护单位”。时任文莱外交大臣穆罕默德亲王殿下、文莱历史中心主任贾米尔、文莱外交与贸易部无任所大使玛斯娜公主殿下等政府高级官员都曾先后专程前往南京瞻仰渤泥王墓，认为渤泥王墓象征着两国友好往来源远流长。(www.daowen.com)

18世纪清朝时期，文莱苏丹为了发展胡椒和橡胶业，曾向中国招募大批华工前往工作和定居。据统计，当时在文莱的华侨共有2万多人，占当时文莱总人口的1/4。在近代，较大规模的移民潮在19世纪下半叶，尤其是英国殖民统治文莱之后。当时，大批移居文莱的华人多是以英国臣民的身份前往的（即以前定居在海峡殖民地或其他英属殖民地的华人）。1860年清政府解除海禁之后，许多华人移居到婆罗洲北岸（当时文莱所属的沙捞越和沙巴一带），从事胡椒、水稻的种植以及淘金业和商业贸易。19世纪后期，英国殖民者的入侵使文莱的国土变得四分五裂，当地的华人也受到了强烈的冲击，文莱本土的华人数大量减少，只剩下约300人。