北宋太宗淳化二年（991年），达尔玛旺夏（Dharmawangsya）当上爪哇岛的马打蓝国(Mataram)国王，更重视与中国的关系，北宋太宗淳化四年（993年）恢复对中国朝贡。苏门答腊岛的三佛齐国在与宋代时对中国的朝贡关系比爪哇岛更为密切。1293年，拉登·威查雅在爪哇岛东部建立了满者伯夷 (又译门遮巴逸、麻喏巴歇)王国，这个国家不久即成为印尼中世纪史上的著名强国，15世纪末被东爪哇消灭。满者伯夷同元朝帝国建立了友好关系，“与中国为商，往来不绝”^[4]。

《宋会要辑稿》记载了北宋末期徽宗政和二年（1112 年）朝廷大臣发现自从哲宗元祐年间（1086—1094年）海禁开始松弛之后，“入蕃海商……时有附带曾经赴试士人（即知识分子）及过犯停替胥吏（即犯了罪被罢官的低级官吏）过海入蕃，或名为住冬，留在彼国数年不回，有二十年者，娶妻养子”，因而建议朝廷严格执行宋神宗元丰年间（1078—1085年）“编配人（即犯了罪罢了官的胥吏）不许过海”的法令，并严禁知识分子“占户为商，趋利过海”^[5]。和田久德认为，从以上这段材料可以看出：在北宋末年，有中国人居住在南方各国（指东南亚各国，包括印尼）长达二十年之久，在当地与土著女子结婚，并生儿育女的情形。这段禁令是直接针对罪犯、士人等特殊身份的人具有上述的行为而颁发的，禁止他们这样做。当然，普通的老百姓，特别是商人们同样也有长期居留海外娶妻生子的情形，因为没有禁止这些人这样做，可想而知，此后这些现象会越来越多。

元朝时期中国曾有过两次移民印尼的高潮。一次是由于南宋被元朝所灭，一批不愿向外族政权俯首称臣的南宋遗臣遗民迁移印尼爪哇而成为华侨。可能他们期望有朝一日能够东山再起。但是南宋王朝气数已尽，他们只好落地生根，成为早期印尼华侨的一部分。另一次是元朝“征讨”爪哇而劳师无功。1293 年忽必烈发兵两万，战船千艘，远征爪哇新柯沙里王朝，徒劳无功，死伤病卒三千人后撤兵回国，有不少伤病士兵留居当地，同当地土著杂居。爪哇岛是元代中国商人常去贸易的地方，而且印尼爪哇东部满者伯夷国的几个重要海港城镇如杜板、锦石、泗水在元末明初已成为华侨集聚的村落。(www.daowen.com)

据明初跟随郑和下西洋的通译马欢所写的《瀛涯胜览》记载，满者伯夷国杜板居民有千余家，其间多有广东及福建漳州人迁移于此，鸡羊鱼菜甚贱。杜板之东的革儿昔(锦石)，原是沙滩之地，自从有中国人来到此地居住，遂名“新村”，华侨住户千余家，村主是广东人，各处土著居民都来到“新村”做买卖，居民的生活十分殷富。在苏鲁马益(泗水)，亦有村主，管理土著居民千余家，其间亦有中国人^[6]。16世纪下半叶，倭寇之患在嘉靖末年被戚继光等名将清除，以及我国民间商人要求恢复对东南亚诸国的私人合法贸易的呼声日益高涨，终于迫使明帝国在穆宗隆庆元年(1567年)不得不听取福建巡抚都御史涂泽民关于开放海禁的奏议，准许我国民间商人同东南亚诸国通商^[7]，只有对日本仍然实行海禁政策。海禁的开放，无疑有利于我国民间商人出洋贸易，也使得我国人民不断向印尼等东南亚国家迁移。

三宝垄是爪哇北岸三大海港商业城市之一，也是当今中爪哇省的省府。关于三宝垄城市的开辟有两种不同的说法。印尼人认为邦格兰·班丹·阿朗(Pangeran Pandan Arang) 是三宝垄城市的开辟者，华侨则普遍地从他们的祖辈们听到另一种说法，说是郑和下西洋时来过三宝垄，随即吸引许多华侨来到这个地方谋生和定居，并把该地开辟成为繁荣昌盛的海港商业城市。20世纪30年代初，有一位著名的印尼土生华侨记者兼作家和历史学家林天佑，研究了当地华人公馆所存的档案资料和荷、英学者的著述之后，写出《三宝垄历史》一书（印尼文，1932年由三宝垄和巴达维亚何金友书店出版）。他判断郑和是在1416年（实际是1417年）第五次下西洋时期来到三保洞地区定居和从事开发的。