学员提问：A企业2001年取得一项土地使用权，支付土地出让金600万元，2005年按照评估价值2000万元对甲房地产公司投资，占股份50%。2007年，甲房地产公司补交土地出让金400万元后，改变了用地性质，经规划部门批准进行商品房开发。2010年，该项目达到土地增值税的清算条件，在清算时，对如何计算土地成本，税企产生分歧；有人认为应当按照1000万元（600+400），作为土地成本，有人认为应当按照2400万元（2000+400）作为土地成本。请问，哪种方法正确？

老师答疑：

《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第一条规定：“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。再待转让时应征收土地增值税对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。”

需要说明的是：第一，这项免税规定中包含了房地产开发企业。第二，这项规定只是在投资环节暂免征收土地增值税，待再转让时应征收土地增值税属于递延纳税的规定。第三，由于投资方在投资环节免征了土地增值税，没有完成土地增值税的计税基础，将来再转让时，不得按评估价值作为扣除基数，而只应当按A企业取得土地使用权的原值作为扣除基数。(www.daowen.com)

剩下的问题是按照1400万元（2000-600）计算的土地增值税由谁来纳税？

由于是A企业享受了土地增值税的免税规定，现在，应当纳税的当然是A企业，A企业缴纳了土地增值税，取得完税凭证后，甲公司可以按2400万元作为基数计算扣除。A公司没有取得完税凭证，甲公司只能按1000万元作为计算土地增值税的基数计算扣除，投资时评估增值的1400万元在计算土地增值税时不得扣除。