有人引用《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）认为转让股权的主要资产形式为土地使用权、地上建筑物及附着物，并征收土地增值税。

《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）文件规定：鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

首先，该文件没有充分的税收法规为支撑。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]第138号，以下简称《暂行条例》）第二条规定：“转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应依照本条例缴纳土地增值税。”《暂行条例》规定的征税范围是“有偿转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物产权所取得的增值额”，没有对有偿转让股权列为征税范围。该暂行条例是国务院颁布的行政法规，而国税函[2000]687号文件充其量只是部门的规范性文件，其法律地位远在《暂行条例》之下，因此，其扩大暂行条例纳税义务主体范围的规定显然属于超越上位法，不具备合法性。(www.daowen.com)

其次，该文件的法律效力不会被法院认可。《最高人民法院关于印发<关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要>的通知》（法[2004]96号）第一条规定：“人民法院经审查认为被诉具体行政行为依据的具体应用解释和其他规范性文件合法、有效并合理、适当的，在认定被诉具体行政行为合法性时应承认其效力；人民法院可以在裁判理由中对具体应用解释和其他规范性文件是否合法、有效、合理或适当进行评述。”何谓“合法有效”，该通知第二条解释：如“下位法以参照、准用等方式扩大或者限缩上位法规定的义务或者义务主体的范围、性质或者条件”则不具有合法性。

再次，深圳能源（钦州）实业有限公司的股权转让征收土地增值税，全国仅此一个案例，类似案例各地税务机关也没有参照。因为，大家心里明白，该文件的合法性存在质疑，下级税务机关又不好多说，只好各自按自己理解办理。