《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条（一）款规定，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、开发费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。

《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）规定，在土地增值税清算中，扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的，应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。

1.拆迁补偿费扣除凭证的规定。《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）第二十二条规定，拆迁补偿费是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。该文件自2009年6月1日起施行，对支付给被动迁户的拆迁补偿费的票据作出新的规定，只要拆迁合同、签收花名册或签收凭证对应就可以扣除，不再硬性规定需要发票才可扣除。

2.扣留建筑施工企业质量保证金的规定。房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除。(www.daowen.com)

根据建筑业的行规，工程验收之后支付工程价款时，建设单位要扣留5%的工程款，作为质量保证金。在保修期内，如果工程质量出了问题，建筑施工企业应当予以修理，如不修理房地产开发企业可以自行组织修理，其修理费用由质量保证金支付。如果在保修期内工程质量不出问题，保修期结束，房地产开发企业退还全部质量保证金。税法规定，房地产开发企业如果不能取得质量保证金发票，不得在税前扣除，会多交税费；而建筑施工企业则担心开具发票之后，房地产开发企业不予付款。为此，作者提出两个建议：

（1）在建设工程发包合同中约定，工程验收之后，建设方扣留的质量保证金，建筑企业必须出具发票，保修期结束，建设方应保证退还剩余的质量保证金，否则，违约方应当承担经济责任和法律责任。

（2）由第三方作担保。建设方和建筑施工企业共同委托担保公司出具付款保函，建筑施工企业按合同开具质量保证金的发票，待保修期结束后，担保公司作为担保人监督付款，如果房地产公司不付款，由担保方付款，担保公司再依法向房地产公司追索。