全省生态环境保护工作虽取得积极进展，但是，随着经济社会发展，我省生态环境保护还面临一些困难挑战和突出问题。

1.生态环境形势依然严峻

2017年，吉林省劣Ⅴ类水体数量仍达到了8个之多，位列全国首列，地级以上城市的未达Ⅲ类饮用水标准的比重高达41.2%，位列全国前列。今年上半年，对辽河流域断面进行考核，劣Ⅴ类断面数量多达5个，占所选考核断面的83%。城市空气质量未达到二级标准的城市达到了6个，包括长春、吉林、四平、辽源、白山和松原。秸秆利用率低、季节性焚烧严重都是造成重污染天气高发的主要原因。东辽河、伊通河等部分河流水质长期恶化未能从根本上解决，河流上游或是沿岸地区的生态破坏问题依然严重，过度使用农药化肥造成的农业面源污染问题依然严重。莫莫格、向海等国际级自然保护区仍存在林地、湿地、草地等生态环境被破坏的问题。

2.生态环境保护设施严重滞后

吉林省的部分城市达到一级A排放标准的污水处理厂仅有47.6%，而在很多重点建制镇甚至没有污水处理厂。城市中配套的污水管网系统建设也较为滞后，雨污合流排水管线占了总管线的50%之多，部分县、市的污水收集率不足一半，甚至还有近50个县级以上的工业区未有污水集中处理设施。城镇中的垃圾无害化处理率低于全国平均水平，农村污水、垃圾处理的基础设施建设不足，农业面源污染严重，污染物排放标准偏低。(www.daowen.com)

3.生态环境保护技术水平落后

目前，我国各省市普遍存在研发技术投入不足的问题，这也造成了生态环境保护技术水平普遍不高。吉林省在这方面的问题较为严重，企业研发投入占主营业务收入不足1%。近年来，我国城镇化发展迅速，但城镇规划却滞后。吉林省也不例外，吉林省的城镇扩张迅速，城镇化率提高显著，到2017年已经达到了56.65%，随着城镇的快速发展，城镇化发展不足的现象逐渐显现，城镇规划滞后经济发展和环境保护要求的问题逐渐凸出。如，由于乡镇的技术水平落后、资金不足等问题，部分乡镇没有建立起来一套完整的污水处理系统，缺少垃圾分类处理办法，仍存在乡镇生产垃圾和生活垃圾直接堆埋、污水直接排放的问题。错放式的生产和生活方式造成了大量污染物，严重威胁了农村生态环境。此外，由于技术水平的落后，很多资源和能源无法得到充分的利用，而被作为污染物排放至环境中，破坏环境的同时，也降低了资源的利用率。

4.生态环境保护投入不足

吉林省的环境保护资金并不充足，存在资金来源较为单一，融资渠道少，多为政府投资。近年来，吉林省政府的环境保护投入正处于逐年增长的态势，2016年吉林省环保支出达到89亿元，占全省财政支出比重达到3.3%，高于全国2.6%的平均水平，但是仍无法满足生态环境保护的需求。而且我省对于国家专项治理资金的争取力度不足，金融机构及社会资本参与机制并未形成，造成我省的生态环保资金规模相对于发达地区而言仍较低。