针对我国当前在专项资金绩效审计评价方面的缺陷，有必要进一步完善绩效审计评价指标体系，在设计科学合理的审计评价指标体系时需要遵循如下指导原则：

（一）经济性、效率性和效果性兼顾原则

在进行评价指标设置时不能只考虑某个方面而忽视其他方面，需要针对经济性、效率性和效果性三个方面分别设计合适的指标。

（二）针对性与兼容性相结合原则

因为财政专项资金支出分为多个种类，每一类支出都有其独特性和重点关注的效益，为此设置的指标就应该有较强的针对性，需要考虑分类指标的设置。但同时又要考虑作为财政支出效益考核的共通性，应注意通用指标选取的兼容性，扩大指标的适用范围，做到针对性与兼容性相结合。(www.daowen.com)

（三）定量指标和定性指标相结合原则

定性分析就是对财政支出效益做出判断，而定量分析则是判断的客观依据，定量分析可以使定性分析更加准确和层次分明。财政支出项目执行的结果，有的不能用量化标准进行衡量，或者量化指标难以明确显示效益的具体状况，对这类支出项目不必勉强依靠定量分析。

（四）评价需要与可操作性相结合原则

从评价需要来看，指标设置得越细，评价结果就会越准确。但是有时有些数据是难以获得的，有些数据要获取可能要花费极高的成本，所以在设置评价指标时应该考虑现实可操作性，在考虑经济性和资料可获取的前提下，依据重要性来设置数量适当的评价指标。