（一）缺乏全面的绩效审计

对财政专项资金实施绩效审计，要涵盖两方面的具体内容：一方面是配置效益审计；另一方面是管理使用效益审计。当前，对财政专项资金进行审计，片面注重对管理使用效益实施绩效审计，未能充分重视对配置效益实施绩效审计。这就导致难以对财政专项资金实施全面的绩效审计，进而无法实现准确高效的审计评价效果。

（二）绩效审计相应的评价指标不统一

当前，对财政专项资金而言，绩效审计相应的评价指标不统一。审计部门未能参考统一的指标体系，对专项资金实施有效的绩效审计。

（三）缺乏对评价指标的完整设置(www.daowen.com)

当前，多数地区缺乏对财政专项资金绩效审计评价指标的完整设置，呈现出较大缺陷。对资金分配过程中具备的合理性缺乏相应的评价指标。从绩效审计实践看来，专项资金在不同程度上存在违规挪用现象，且专项资金拨付缺乏规范性。我国审计部门发布施行的评价指标缺乏此类内容。对专项资金相应的决策过程缺乏科学评价，难以从根本上有效保障专项资金的实际使用效果，且难以促进专项资金使用效率实现大幅度提高。对政策执行缺乏严格的审计和科学评价。财政专项资金具备显著的政策性特征，当前，绩效审计缺乏对政策执行的科学评价，导致专项资金难以体现其自身的专用效果。

（四）缺乏对资金使用过程的监督

对财政专项资金进行支出使用，应对资金使用的实际过程实施严格的绩效评价，有效保障资金使用具备较强的合理性。当前，对财政专项资金进行支出使用，通常由财政部门对相应申请进行审核，审核批准后，以使用用途作为依据，构建满足类型具体需求的财政专项资金，再由业务主管相关部门对之实施立项审核，对其使用途径以及金额进行确定，在此基础上，对专项资金进行支出使用。最后，严格审核专项资金实际使用情况，实现对专项资金实际使用效率的有效保障。然而，在实际中，对专项资金进行批复耗费的时间过长，且多层审核不仅对专项资金项目实际运行时间造成影响，且会降低资金的使用效益。